命令行工具，根据现有VCF从BAM文件中提取原始深度和alt freq，将输出作为新VCF写入stdout。
zither的Python项目详细描述
命令行工具根据现有的VCF从BAM文件中提取原始深度和ALT频率，将输出作为新的VCF输出到STDUT。
官方存储库位于：
https://github.com/umich-brcf-bioinf/Zither
快速启动
读取单个BAM文件
$ zither –bam examples/explicit_bam/Sample_X.bam examples/explicit_bam/input.vcf > output.vcf
给定一个vcf和一个bam文件，读取输入vcf中的位置和相应的pileup 从样品中提取。
读取一组匹配的VCF样本名称和BAM文件
$ zither examples/matching_names/input.vcf > output.vcf
给定一个VCF和一组BAM文件，这些文件的文件名 匹配VCF样本名称，从 输入vcf和相应的bam pileups。
显式地将vcf示例名称映射到bam文件
$ zither –mapping_file=examples/mapping_files/mapping_file.txt examples/mapping_files/input.vcf > output.vcf
给定一个VCF、一个BAM集合和一个将示例名称映射到BAM路径的文件， 从输入VCF和相应的堆读取位置 从BAM文件名。
映射文件是一个制表符分隔的文本文件，其中每一行都有一个示例 相应BAM文件的名称和路径。指向BAM文件的路径可以是 绝对或相对；相对路径是相对于目录解析的 包含映射文件的。
通过电子邮件bfx-zither@umich.edu获取支持和问题。
um brcf生物信息学核心
变更日志
0.2（2015年3月9日）
- 调整标签以包括总深度和未过滤深度以及alt freq.
- 增加了基本通话质量过滤功能
- 增加了深度截断
- 增加了对python3的支持
0.1（2015年6月8日）
初始版本
古筝是由密歇根大学编写和维护的。 brcf生物信息核心；个人贡献者包括：
- 克里斯·盖茨
- 迪维娅·克里蒂
欢迎加入QQ群-->： 979659372
