vispr 0.4.14

安装

安装vispr的最简单方法是使用miniconda3python发行版（http://conda.pydata.org/miniconda.html）。确保安装了python 3变体。 在Linux或Mac OSX上，您可以发布

conda install –channel bioconda vispr

在terminal中，使用[bioconda channel]（http://bioconda.github.io）安装具有所有依赖项的vispr。

要更新vispr和所有其他已安装的conda软件包，请发布

conda update –channel bioconda –all

如果您使用的是旧版本的MacOS X，并且在安装miniconda之后，conda命令不可用，则必须将shell更改为bash。要永久执行此操作，请发布

chsh -s /bin/bash

使用量

下面的所有步骤都必须在terminal中执行。

###步骤1：测试VISPR

成功安装后，您可以通过执行

vispr test

在终点站。这将下载测试数据并允许您探索vispr的所有功能。

###步骤2：配置VISPR

vispr将[mageck]（http://liulab.dfci.harvard.edu/Mageck）和[fastqc]（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc）结果作为输入。 要在vispr中显示这样的结果，必须提供一个指向结果文件并设置其他参数的配置文件。一个配置文件定义一组结果（即一个实验）。 生成自己的数据和创建vispr配置文件的最简单方法是使用[mageck vispr]（https://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr）工作流。 如果不想使用工作流，可以通过发出

vispr config

获取修改模板。

###步骤3：运行VISPR

一旦您有了配置文件（由工作流生成或手动生成），就可以发出

vispr server path/to/config.yaml

启动在WebBrowser中呈现VISPR用户界面的服务器进程。 vispr可以通过多个配置文件（即多个实验）调用，允许通过用户界面选择和比较实验。

此外，您还可以将结果压缩到可以通过电子邮件轻松发送的存档中：

vispr archive path/to/config.yaml myexperiment.tar.bz2

然后，即使在不同的工作站上，也可以使用vispr提取和可视化结果：

tar -xf myexperiment.tar.bz2 vispr server myexperiment/vispr.yaml

有关进一步的帮助，请使用

vispr –help

###步骤4：在远程服务器上运行vispr

最新版本的vispr现在允许用户从远程机器访问vispr服务器（感谢张武兵）。 只需添加使用服务器和测试命令中的“–host<；your ip address>；”选项即可允许远程访问。 例如，如果您的IP地址是192.168.86.164，则可以运行

vispr test –host 192.168.86.164 –port 5000

在服务器中，通过在另一台计算机的浏览器中键入192.168.86.164:5000远程访问vispr。

同样，您可以使用

vispr server myexperiment/vispr.yaml –host 192.168.86.164 –port 5000

允许远程访问myexperiment/vispr.yaml中的内容

作者

约翰内斯·克斯特 卫丽<；li.david.wei@gmail.com>；

许可证

根据麻省理工学院的许可证（http://opensource.org/licenses/MIT）授权。除非根据这些条款，否则不得复制、修改或分发此项目。