虚拟微生物进化模拟器
VirtualMicrobes的Python项目详细描述
自述文件
虚拟微生物进化模拟器
功能
- 进化微生物的个体模型。
- 进化基因组的显式模型。
- 空间扩展环境。
- 微生物进化代谢能力以开发环境营养。
依赖项和脚本
- 取决于:
- cython
- matplotlib
- networkx(网络分析与绘制)
- ete3(树木绘制和系统发育)
- 其他请参见requirements.txt
安装
pip install VirtualMicrobes
用法
迫不及待地模拟:
^{tt2}$
打开潘多拉的选项框:
- vermicelli.py --help
- vermicelli.py evo --help