typic的python实现:典型的图像选择
typic的Python项目详细描述
typic是Typical Image Chooser的python实现,如前所述 在
- Markey,M.K.,Boland,M.V.,和Murphy,R.F.(1999)Towards Objective Selection of Representative Microscope Images。 生物物理学杂志76:2230-2237。
TypIC也可以作为 service在 Protein Subcellular Location Image Database (PSLID);尽管后者是 不是这个存储库中描述的那个。
先决条件
- 努比
- scipy
在ubuntu 12.04中安装先决条件
sudo apt-get install update sudo apt-get install python-numpy python-scipy
安装
安装typic有几种方法。最常见的方法是 下载源代码,解压/解压源代码包并运行 命令
sudo python setup.py install
我计划将这个包提交到python包索引。如果 我这样做了,那么应该可以通过运行命令来安装它
sudo pip install typic
comment:halcon依赖于numpy和 scipy。在Windows中安装这些软件包 而macosx并不是一个微不足道的任务。有关更多信息,请参阅 文档。
如果您希望在虚拟环境中安装typic,则可以执行
virtualenv typic cd typic source ./bin/activate pip install numpy pip install scipy mkdir src cd src git clone git@github.com:icaoberg/typic.git cd typic python setup.py install cd ../../ deactivate
COMMENT:前面的代码片段假设 virtualenv安装在 你的工作制度。
文件
文档是使用Sphinx编写的。到 使用以下命令生成文档
生成html
cd docs make html
生成PDF文档
cd docs make latexpdf
生成ePub文档
cd docs make epub
错误和问题
要提交有关源代码的错误,请访问
https://github.com/icaoberg/typic
要提交有关文档的错误,请访问
https://github.com/icaoberg/typic-docs
任何其他查询也可以访问这些链接。