trnananalysis：这个软件将执行读取到trna的对齐
tRNAnalysis的Python项目详细描述
t分析
该工作流程的产生是为了应对无法快速、可靠地有效分析来自下一代测序实验的trna数据。典型的工作流不是非常灵活的，对于多个样本没有很好的伸缩性。此外，大多数都没有实施最佳实践制图策略或生成详细的分析报告来帮助生物解释。
我们的管道可用于评估样本中的小rna水平，但提供了对trna的详细分析，特别强调了trna片段分析，管道正在不断发展，未来还将增加更多的功能。例如，我们将扩展我们的管道来执行mirnas的详细分析，并计划为交互式报表功能编写一个闪亮的框架。
安装
Conda安装
安装trnananalysis的首选方法是通过Conda。但是，目前我们遇到了依赖关系中断的问题，所以我建议要么使用pip安装，要么手动安装依赖关系（尽管有很多） 或者更容易地使用conda environment部分中的linux环境。
要使用conda安装trnananalysis:：
conda install -c bioconda trnanalysis
康达环境
Conda是一个很棒的项目，但是它可能会遇到与解决者花费多长时间 修复安装问题。有关这些conda问题的更多信息，请参见bioconda issues。
为了加快安装速度，我们提供了一个conda环境。目前只支持Linux，它可以 按以下步骤安装：
wget https://raw.githubusercontent.com/Acribbs/tRNAnalysis/master/conda/environments/trnanalysis-linux.yml
conda env create -f trnanalysis-linux.yml
conda activate trnanalysis-env
Pip安装
trnananalysis也可以使用pip:：
pip install trnanalysis
手动安装
或者，您可以手动安装trnananalysis，方法是：
git clone https://github.com/Acribbs/tRNAnalysis.git
cd tRNAnalysis
python setup.py install
trnanalysis --help
用法
运行trnanalysis --help命令查看有关如何运行trnananalysis的帮助文档
要运行主Trnanalysis管道，请运行：
trnanalysis trna make full -v5
为了运行和生成multiQC报告以识别读取质量和标记html报告 对于tRNA分析运行：
trnanalysis trna make build_report -v5
在本地或集群上运行-在集群上运行trnananalysis的默认设置，带有slurm、sgc、torque和pbs/pro
当前支持。但是，如果您没有访问集群的权限，则可以通过将--no-cluster添加为
命令行参数。
文件
介绍trnananalysis并提供如何运行示例的教程的进一步帮助 代码可以在read the docs
欢迎加入QQ群-->： 979659372
