transit是分析tn-seq数据的工具。它提供了一个易于使用的图形界面和对三种不同分析方法的访问，使用户可以在单个条件以及条件之间确定重要性。
tnseq-transit的Python项目详细描述
#运输
[！[版本]（https://img.shields.io/github/tag/mad-lab/transit.svg)](https://github.com/mad-lab/transit）[！[生成状态]（https://travis-ci.org/mad-lab/transit.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/mad-lab/transit）[！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/transit/badge/?version=latest)](http://transit.readthedocs.io/en/latest/？徽章=最新的）[！[下载]（https://pepy.tech/badge/tnseq-transit)](https://pepy.tech/project/tnseq-transit）
注意：transit v3.0+现在需要python3.6+。如果您想在python2中使用transit，请使用<；3.0版。
欢迎！这是德州农工大学的[ioerger lab]（http://orca2.tamu.edu/tom/iLab.html）开发的传输和tpp工具的分发。
transit是对tn-seq数据进行处理和统计分析的工具。 它提供了一个易于使用的图形界面和对三种不同分析方法的访问，使用户可以在单个条件以及条件之间确定重要性。
中转主页：http://saclab.tamu.edu/essentiality/transit/index.html
运输文件：https://transit.readthedocs.io/en/latest/transit_overview.html
[变更日志]（https://github.com/mad-lab/transit/blob/master/CHANGELOG.md）
##特点 Transit提供多种功能，包括：
- 超过10种分析方法，包括确定conditional essentiality和genetic interactions的方法。
- 能够分析使用himar1或tn5转座子构建的库中的数据集。
- trackview帮助可视化整个基因组的读取计数。
- 可以将数据集导出为多种格式，包括igv。
- 包括多种规范化方法。
- 质量控制诊断，以识别劣质数据集。
- 能够以python包的形式安装，以便导入并在您自己的个人脚本中使用。
##支持
如有任何问题或意见，请联系Thomas Ioerger博士，ioerger@cs.tamu.edu。
##说明
有关如何安装和运行transit（以及可选的预处理器，tpp）的完整说明，请参阅此发行版中包含的文档（“src/pytransit/doc”文件夹）或访问以下网页：
https://transit.readthedocs.io/en/latest/
##数据集
transit发行版在data/目录中提供了一些示例.wig文件，在genomes/目录中提供了一个示例注释文件（.prot_table format）。其他基因组可在以下网站上找到：
http://saclab.tamu.edu/essentiality/transit/genomes/
##版权信息
根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可（3.0版）条款，Transit和TPP的源代码是开源的。有关此许可证的详细信息，请参阅包含的license.md文件或访问其网站：
http://www.gnu.org/licenses/gpl.html
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](https://github.com/mad-lab/transit){kind=link}
](https://travis-ci.org/mad-lab/transit){kind=link}