热动力学工具-分析神经网络的损失流形
tati的Python项目详细描述
热力学分析工具包是一个基于采样的方法来理解 神经网络训练的有效性及其损失流形的研究。
它使用tensorflow（https://www.tensorflow.org/）作为神经网络 在此基础上，构建并实现了先进的采样算法。它包含 一个新取样方法的快速原型平台和一个分析 了解损失流形复杂性的框架 平均值、协方差、扩散图和自由能。
请看一下扩展的[userguide]（https://alan-turing-institute.github.io/ThermodynamicAnalyticsToolkit/）。
依赖关系
总之，我们依赖于以下python包：
- tensorflow (1.4.1, 1.6-1.10; 1.5 is not recommended)
- numpy
- pandas
- scipy
- scikit-learn
- acor (see the userguide for installation instructions)
此外，对于从克隆的git存储库或纯源安装 tarball，创建所有 用户指南，
- doxygen,
- asciidoc, dblatex
- pdflatex,
对于运行所有测试，
- awk, sqlite3.
最后，还有一些可选的python包：
- pydiffmap: allows diffusion map analysis through pydiffmap package
- tqdm: allows displaying progress bar during training and sampling
安装
使用下列方法之一：
- pip安装tati
- 获取最新的[发行版]（https://github.com/alan-turing-institute/ThermodynamicAnalyticsToolkit/releases），提取并配置前缀（prefix=<；您的选择），make，make install
- git克隆https://github.com/alan turing institute/thermodynamicalytictoolkit.git和configure-prefix=<；您的选择>；，make，make install。
有关更多信息，请参阅用户指南（请参阅 [发布]（github上的https://github.com/alan-turing-institute/ThermodynamicAnalyticsToolkit/releases）或[作为html版本]（https://alan-turing-institute.github.io/ThermodynamicAnalyticsToolkit/）） 安装说明。
或者，用户指南pdf也包含在 文件夹doc/userguide。 作为回退，asciidoc用户指南文件位于doc/userguide中 而且是完全可读的，请参见doc/userguide/introduction.txt。 作为最后一个退步，请查看install以获取有关如何 安装由autotools、automake维护的包。
从github克隆时，请调用/bootstrap.sh脚本（需要 已安装Autotools和Automake软件包）。
注意：如果您只想使用包，并且不打算提交代码， 强烈建议使用pypi包（使用“pip”）或“release” tarballs而不是直接克隆存储库。
文档
一般来说，文档保存在文件夹doc中。腹水 用户指南文件位于doc/userguide中，在 如果其他选项都失败，则首选编辑器。
有多个指南可帮助您：
- 用户指南：关于如何安装和使用tati的用户手册
- 程序员指南：使用tensorflow和tati进行基本编程手册
- api引用：doxygen生成的api引用
安装（configure，make，make doc，make install）之后，这些指南 可以在典型的文档目录中找到（例如， share/doc/thermodynaminalytictoolkit/取决于您的操作系统）。
请注意，以上所有指南也可以作为html版本在 安装。
致谢
塔蒂已经从种子基金赠款和通过 伦敦艾伦图灵学院卢瑟福奖学金（R-SIS-003， R-RUT-001），来自EPSRC批准号EP/p006175/1（数据驱动粗粒化 使用时空扩散图，b.leimkuhler pi），以及微软的 azure赞助（MS-AZR-0143P）。
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