人类染色体表意文字特征可视化的一种简单方法
tagore的Python项目详细描述
泰戈尔
tagore是一种直观显示人类染色体象形文字特征的简单方法，如本文所示：https://www.nature.com/articles/srep12376
tagore被设计成允许每个人创建23和我风格的染色体绘制图。在
安装
tagore是一个简单的Python脚本，它使用RSVG库，没有其他依赖项。在
pip install tagore
tagore --version
# tagore (version 1.0.1)要求
快速入门
演示数据由Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) Cancer Gene Census基因和100个随机模拟的突变组成。点代表单核苷酸变异（即，<；3个样本中存在的变体）；三角形代表单核苷酸多态性（即在许多样本中发现的变体）；短线（单染色体）代表已知的INDEL位点。在
^{pr2}$使用
usage: tagore [-h] [--version] -i <input.bed> [-p [output file prefix]] [-b [hg78/hg38]] [-f] [-v]
tagore: a utility for illustrating human chromosomes https://github.com/jordanlab/tagore
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version Print the software version
-i <input.bed>, --input <input.bed> Input BED-like file
-p [output file prefix], --prefix [output file prefix] Output prefix [Default: "out"]
-b [hg78/hg38], --build [hg78/hg38] Human genome build to use [Default: hg38]
-f, --force Overwrite output files if they exist already
-v, --verbose Display verbose output
输入文件是一种类似床的格式，如下所述。如果未指定输出前缀，脚本将使用“out”作为默认前缀。在
转换RFMix和混合输出的助手脚本包含在scripts/文件夹中。在
使用RFMix输出的完整染色体绘制的更完整的示例可以通过运行：
./scripts/rfmix2tagore.py --chr1 example_ideogram/1KGP-MXL104_chr1.bed \ --chr2 example_ideogram/1KGP-MXL104_chr2.bed \ --out example_ideogram/1KGP-MXL104_tagore.bed tagore -input example_ideogram/1KGP-MXL104_tagore.bed \ --prefix example_ideogram/1KGP-MXL104 \ --build hg37 --verbose
输入文件说明
#chr start stop feature size color chrCopy
chr1 10000000 20000000 0 1 #FF0000 1
chr2 20000000 30000000 0 1 #FF0000 2
chr2 40000000 50000000 0 0.5 #FF0000 1
每一列解释如下：
- chr—必须在其上绘制特征的染色体
- start-特征的起始位置（bp）
- stop-特征的停止位置（bp）
- feature-要绘制的特征的形状
- 0将绘制一个矩形
- 1将画一个圆
- 2会画一个三角形指向基因组的位置
- 3将在那个基因组位置划出一条线
- size—功能的水平大小。应介于0和1之间。在
- color-用十六进制值指定基因组特征的颜色（#FF0000表示红色，等等）
- chrCopy-指定应该在其上绘制特征的染色体副本（1或2）。要在两条染色体上绘制相同的特征，必须指定该特征两次
词源学
Tagore（/tæˈgɔr/）是一位多产的作曲家， 19世纪和20世纪印度艺术家和有影响力的诗人。值得注意的是，泰戈尔公开反对 种族偏见，主张尊重所有人，不论其祖籍或 种族背景。在
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
