SyGMa 1.1.0

要求

Sygma需要具有Inchi支持的RDKit

安装

• 用水蟒安装：conda install -c3d-e-Chem-c rdkit sygma

或者

• 按照http://www.rdkit.org/docs/Install.html
中的说明安装rdkit

以及

• pip install sygma或者，在下载sygma之后，python setup.py install

示例：生成苯酚代谢物

importsygmafromrdkitimportChem# Each step in a scenario lists the ruleset and the number of reaction cycles to be appliedscenario=sygma.Scenario([[sygma.ruleset['phase1'],1],[sygma.ruleset['phase2'],1]])# An rdkit molecule, optionally with 2D coordinates, is required as parent moleculeparent=Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1O")metabolic_tree=scenario.run(parent)metabolic_tree.calc_scores()printmetabolic_tree.to_smiles()

码头工人

sygma可以在docker（https://www.docker.com/）容器中执行，如下所示：

docker run 3dechem/sygma c1ccccc1O