河流骨架
streamflow的Python项目详细描述
水流
{ StreamFlow模块在PyPI上可用，因此您可以使用pip安装它。在 请注意，StreamFlow需要 StreamFlow Docker映像可在Docker Hub上找到。为了跑步
StreaFlow图像中的工作流 下面的脚本给出了一个在Docker容器中执行流的示例 也可以将StreamFlow容器作为 StreamFlow的 请注意，如果RBAC在
Kubernetes集群，必须将一个适当的 StreamFlow使用pipenv来保证确定性构建。
因此，管理依赖关系的推荐方法是使用 第一步，从GitHub获取StreamFlow 然后可以使用 最后，您可以在生成的虚拟环境中运行StreamFlow。为了让它起作用
需要将streamflow项目文件夹（由 StreamFlow依赖于PyPI和Docker Hub发行版的Travis CI。因此，为了发布
新版本的软件，您只需在 Iacopo Colonnelliiacopo.colonnelli@unito.it（创建者和维护者） Gaetano Saittagaetano.saitta@edu.unito.it（投稿人） 标签： 欢迎加入QQ群-->： 979659372
使用流
PyPI
pip install streamflow
python >= 3.7。然后可以直接从CLI执行它Docker
streamflow.yml文件和所有其他相关的依赖项（例如CWL
工作流步骤的描述和执行环境的Helm描述）需要作为卷装入
在容器内，例如/streamflow/project文件夹中/streamflow/results文件夹中。因此，有必要安装
如一个卷这样的位置，以便保存结果/tmp/streamflow位置保存所有临时文件。用于调试目的，或
为了提高大文件情况下的I/O性能，还可以将这样的位置作为卷装载streamflow.yml文件的路径必须是
作为参数传递给Docker容器docker run -d \
--mount type=bind,source="$(pwd)"/my-project,target=/streamflow/project \
--mount type=bind,source="$(pwd)"/results,target=/streamflow/results \
--mount type=bind,source="$(pwd)"/tmp,target=/tmp/streamflow \
alphaunito/streamflow \
/streamflow/project/streamflow.yml
库伯内特斯
Job在Kubernetes中执行。
在本例中，StreamFlow能够通过
ServiceAccount凭据。为此，必须将inCluster选项设置为truestreamflow.yml文件上的相关模块models:helm-model:type:helmconfig:inCluster:true...
Helm模板位于helm/chart文件夹中。在RoleBinding附加到ServiceAccount对象，以便
流化管理POD部署和任务执行的权限。在促进水流
pipenv命令。在git clone git@github.com:alpha-unito/streamflow.git
pipenv命令安装所有需要的包pip install --user pipenv
cd streamflow
pipenv install
git clone命令生成的文件夹）添加到
PYTHONPATH列表pipenv run python -m streamflow
version.py文件中增加版本号。在溪流小组
芭芭拉坎塔卢波barbara.cantalupo@unito.it（维护人员）
Marco Aldinuccialdinuc@di.unito.it（维护人员）
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