st-pipeline：一种用于唯一转录本空间映射的自动化管道
stpipeline的Python项目详细描述
st管道包含处理所需的工具和脚本 并分析由空间转录组学生成的原始文件 方法以FastQ格式生成数据集以进行下游分析。 ST管道还可用于处理单个单元格数据 只要提供一个带有标识每个单元格的条形码的文件。 st管道还可以处理 或者没有umis。
ST管道已经过速度、稳健性和 易于使用与许多参数来调整所有设置。
需要以下文件/参数：
- fastq文件（读取1，包含空间信息和umi 阅读包含基因组序列的2）
- 用star生成的基因组索引
- gtf或gff格式的注释文件（可选）
- 包含条形码和数组坐标的文件
- （查看文件夹“ids”并选择正确的一个）。 基本上这个文件包含3列（条形码、X和Y）。 因此，如果您为该文件提供了标识输入单元格的条形码（例如）， st管道可用于单单元数据。 此文件也是可选的。
- 数据集的名称
ST管线有多个主要与修边有关的参数， 映射和注释，但通常默认值足够好。 您可以看到参数的完整描述 安装ST管道后，键入“st_pipeline_run.py–help”。
输入的fastq文件也可以用gzip/bzip格式给出。
基本上，st管道的作用是：
- 质量微调（读取1和读取2）：
- 去除低质量底座
- 健全性检查（读取相同长度、读取顺序等）
- 检查质量umi（如果提供）
- 删除用户定义长度的工件（polyt、polya、polyg、polyn和poly）
- 检查AT和GC含量
- 放弃至少有个基数的读操作，但上述任何检查都失败
- 连续筛选e.x.rrna基因组（可选）
- 用星形映射（只读2）
- 用[TGAD]（^ {A1}）解复用（仅读取1）
- 保持包含有效条形码且正确映射的读取（读取2）
- 用htseq count（可选）注释读操作
- 按条形码（点位置）和基因对带注释的读取进行分组，以获得读取计数
- 在分组/计数中，只保留唯一分子（umi）。
您可以在documents workflow.pdf和workflow_extended.pdf中看到工作流的更详细的图形描述
输出将是计数矩阵（基因作为列，点作为行）。 包含转录本（读名、坐标、基因等）和json的bed文件 文件中包含有用的统计信息。 st管道还将输出包含有用信息的日志文件。
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