空间多层次模型拟合与收敛性诊断
spvcm的Python项目详细描述
这是一个估计空间相关方差分量模型/可变截距模型的包。除了用python进行gibbs采样的通用工具包外,该包还提供了pymc3和coda的接口。有关完整的概述,请参阅walkthrough。
作者:列维·约翰·沃尔夫
电子邮件:levi.john.wolf@gmail.com
机构:布里斯托尔大学和芝加哥大学空间数据科学中心
preprint:在Open Science Framework
安装
这个包在Python3.5中工作得最好,但是单元测试在Python2.7中也通过了。 官方只支持Python3.5+。
要安装,首先从continuumAnalytics安装anaconda pythonDistribution。该软件包的安装已经在windows(10,8,7)mac osx(10.8+)和linux中使用anaconda 4.2.0和python 3.5版进行了测试。
安装anaconda之后,可以使用python包管理器pip安装spvcm。
pip install spvcm
若要从源安装,还可以导航到源目录并使用:
pip install ./
它将从目标源目录安装包。
用法
要使用包,请启动python解释器并运行: import spvcm.api as spvcm
然后,许多不同的方差分量模型细节可在:
spvcm.bothspvcm.upperspvcm.lower
有关更详细的说明,请参阅jupyter笔记本using the sampler.ipynb,该笔记本位于spvcm/examples目录中。
引文
列维·约翰·沃尔夫。(2016年)。一类空间相关方差分量模型的gibbs抽样。芝加哥大学空间数据科学技术中心报告。