将变异目录分解为变异签名
sigproSS的Python项目详细描述
SigProfilerSingleSample
sigprofilersinglesample允许将一组已知的变异签名归因于单个样本。该工具识别样本中每个签名的活动，并为每个签名分配导致样本中特定突变类型的概率。该工具利用sigprofilermatrixgenerator、sigprofilerextractor和sigprofilerplotting。
安装
在命令行中，请键入以下行：
$pip install sigproSS
从命令行/终端安装所需的参考基因组，如下所示（可用的参考基因组为：grch37、grch38、mm9和mm10）：
$ python
>> from SigProfilerMatrixGenerator import install as genInstall
>> genInstall.install('GRCh37')
这将安装人类37号染色体作为参考基因组。你可以安装任意数量的基因组。
打开一个python解释器并导入sigprofilerextractor模块。请参阅函数的示例。
功能
导入数据
Imports the path of example data.
importdata()
Example:
-------
>>> from sigproSS import spss
>>> data = spss.importdata()
This "data" variable can be used as a parameter of the first argument of the sigproSS function.
To get help on the parameters and outputs of the "importdata" function, please write down the following line:
>>> help(spss.importdata)
单个样本
Decompose the query samples into the global signatures.
single_sample(vcf, outputdir, exome=False)
Example:
-------
>>> from sigproSS import spss
>>> data = spss.importdata()
>>> spss.single_sample(data, "results", ref="GRCh37", exome=False)
To get help on the parameters and outputs of the "importdata" function, please write down the following line:
>>> help(spss.single_sample)
版权所有
作为SigProfiler项目的一部分，本软件及其文档具有2018年版权。SigPrimeReloStudio框架是免费软件，并被分发，希望它是有用的，但没有任何保证；甚至没有隐含的保证适销性或适合特定用途。有关更多详细信息，请参阅GNU通用公共许可证。
联系信息
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欢迎加入QQ群-->： 979659372
