兄弟是一个代码库,用于计算基因组之间的同源性,并通过rest api将其公开。
siblings的Python项目详细描述
如何安装同级节点
原则上,a -pip安装-e。(来自复本) 应该做这项工作。但是不幸的是,pytable包不正确 解析其所有依赖项。因此,需要已经安装pytables。 有关说明,请参见http://www.pytables.org/moin/Downloads(较长的版本 包含在文档中)
在ubuntu中安装允许: sudo apt get安装python表 但是根据ubuntu的版本,这个包可能已经过时了。
相反,我使用: sudo apt get安装libhdf5 serial dev libbz2 dev liblzo2 dev pip安装numpy pip安装numexpr pip安装cython pip安装表
最后,安装兄弟包 -pip安装-e。
直接同级使用的示例会话(不作为服务器)
导入同级项
r=siblies.reader('/path/to/master/file.h5') 基因组=R.基因组 filtercond=兄弟姐妹.queryfilter('score>;500&pamdistance<;100') idtype=r.createreturnidtype('uniprotkb/trembl','sourceac') res=r.getmatchesbetweenomepair(基因组[1],基因组[2],matchfilter=filtercond,idtype=idtype)
打印(len(res['data']) 打印(res['colnames']) 打印(res['data'][0:10])
res=r.gethomolosofgene(基因组[0],1,idtype=idtype)