自动编码核磁共振化学位移从原生向量空间到残基水平的生物物理指标
shiftcrypt的Python项目详细描述
安装
shiftcrypt只在linux机器上测试过。它可能需要额外的安装步骤才能在其他操作系统上工作。如果您需要支持，请联系gabriele.orlando@vub.be或wim.vranken@vub.be。
请注意，pypi包的功能有限。对于允许自定义编码方案和神经网络再训练的完整shiftcrypt版本，请参阅：
https://bitbucket.org/grogdrinker/shiftcrypt
要安装软件包，只需运行
sudo pip install shiftcrypt
上述命令将安装：
- 基于命令行的独立（shiftcrypt）
- python2包（shiftcrypt_pkg）
依赖关系：
需要以下python包：
- Python2.7
- SCIPY（使用0.19.1版进行测试）
- Numpy（使用1.14.3版进行测试）
- sklearn（使用0.19.1版进行测试）
- pytorch（请参阅https://pytorch.org/以获得简单的安装指南。使用0.3.1版进行测试）
如果在安装pytorch时遇到内存错误，请使用--no cache dir安装选项（例如pip--no cache dir installhttp://download.pytorch.org/whl/cpu/torch-0.4.1-cp27-cp27mu-linux_x86_64.whl）@@
所有这些软件包都可以使用pip或anaconda。另请参见requirements.txt文件。
使用量
该工具采用输入nmr交换格式（nef）或nmr-star v2.1文件。
轮班标准
shiftcrypt [options] -i inputFile
shiftcrypt [options] -i inputFile
要测试示例输入，请运行
shiftcrypt -i TEST_SA
工具应该在几秒钟内生成结果。 @@@请记住，如果您有几个缺少的化学位移值，您应该使用简化模型（选项-m 2）
- -h-->；显示帮助
- -i-->；输入nef文件文件
- -o-->；输出文件
- -M-->；要使用的模型
shiftcrypt可以与不同的编码方案一起使用：
- -m 1-->；如文中所述，使用全套化学位移的模型。由于缺少化学位移数据，它可能无法转换某些残留物
- -m 2-->；仅使用h、ca、n、cb、c化学位移数据的模型（h、ca、n和ha、ca、cb分别表示gly和pro）。在处理大量丢失数据的实验时，这是一个很好的选择
- -m 3-->；仅使用n和h原子（ha、ca、cb表示pro）的模型。它尚未用于此项工作
使用git版本，可以构建自定义编码方案并训练自定义模型
输出由两列组成：第一列包含剩余名，第二列包含shiftcrypt索引。 如果shiftcrypt输出值等于-10，则表示该残留物的化学位移不足以进行转换
shiftcrypt python包
要使用python包，请使用以下命令导入shiftcrypt：
from shiftcrypt_pkg.main_class import shiftcript
类具有以下参数：
- [可选]型号=1、2或3（默认值=2）。要使用的模型
类具有以下方法：
- transform（star_file）：计算shiftcrypt值。输出：列表。ith值对应于ith残基的shiftcrypt值。-10表示该特定残基的缺失值太多
- test（）：测试包 示例：
from shiftcrypt_pkg.main_class import shiftcript
sci=shiftcript()
sci.test()
欢迎加入QQ群-->： 979659372
