从原始读取到功能计数的RNAseq管道
sequana-rnaseq的Python项目详细描述
这是来自Sequanaprojet的^{str1}$rnaseq管道
| Overview: | RNASeq analysis from raw data to feature counts |
|---|---|
| Input: | A set of Fastq Files and genome reference and annotation. |
| Output: | MultiQC reports and feature Counts |
| Status: | Production |
| Citation(sequana): | |
Cokelaer et al, (2017), ‘Sequana’: a Set of Snakemake NGS pipelines, Journal of Open Source Software, 2(16), 352, JOSS DOI doi:10.21105/joss.00352 | |
| Citation(pipeline): | |
安装
必须先安装Seguana：
pip install sequana
然后，只需安装以下软件包：
^{pr2}$使用
sequana_pipelines_rnaseq --help sequana_pipelines_rnaseq --input-directory DATAPATH --genome-directory genome --aligner star
这将创建一个包含管道和配置文件的目录。然后你需要 要执行管道：
cd rnaseq sh rnaseq.sh # for a local run
这是一条蛇形管道。如果你熟悉蛇咬，你可以 检索管道本身及其配置文件，然后使用特定参数自行执行管道：
snakemake -s rnaseq.rules -c config.yaml --cores 4 --stats stats.txt
或者使用sequanix接口。在
要求
此管道需要以下可执行文件：
- 领结
- 船首2
- 星星
- 功能计数（子读取包）
- 皮卡德
- 多重质量控制
根据配置文件选项，可能需要更多。例如， 您可以使用fastq_屏幕，在这种情况下，您需要安装并配置它。在
细节
此管道在输入的fastq文件上并行运行rnaseq（成对或不成对）。 同时还制作了一份简短的Seguana摘要报告。在
这条管道很复杂，需要一些专业知识来解释。在
然而，要像上面所示的那样执行它应该是非常严格的。这个 管道使用bowtie1查找rRNA。然后，使用cutapdat清除数据。 如果没有提供适配器（默认值），则会为低质量的基础修剪读操作。 然后，使用star或bowtie2（–aligner option）执行映射。最后， 功能计数从以前生成的BAM文件中提取。我们猜 串接和保存特征计数到directoy中 ./rnadiff/feature_计数。DGE不是管道的一部分。为此，我们使用 deseq2的包装器，稍后将提供。在
规则和配置详细信息
这是latest documented configuration file 与管道一起使用。管道中使用的每个规则在配置文件中可能有一个部分。在
警告
RNAseQC规则已关闭，当前在中不起作用 版本0.9.X
变更日志
^{tb2}$- 项目
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