illumina数据集的质量控制管道。该管道去除污染物（如Phix），执行fastqc、适配器清洁和修整，并检查污染物
sequana-quality-control的Python项目详细描述
这是来自Sequana项目的^{str1}$质量控制管道
| Overview: | A quality control pipeline for illumina data set. This pipeline removes contaminants (e.g. Phix), performs fastqc, adapter cleaning and trimming and checks for contaminants |
|---|---|
| Input: | Raw fastq files |
| Output: | Cleaned fastQ files, remove phix and adapters + taxonomy |
| Status: | production. |
| Citation: | Cokelaer et al, (2017), ‘Sequana’: a Set of Snakemake NGS pipelines, Journal of Open Source Software, 2(16), 352, JOSS DOI doi:10.21105/joss.00352 |
安装
必须先安装Seguana：
pip install sequana
然后，只需安装以下软件包：
^{pr2}$使用
sequana_pipelines_quality_control --help sequana_pipelines_quality_control --input-directory DATAPATH
这将创建一个包含管道和配置文件的目录。然后你需要 要执行管道：
cd quality_control sh quality_control.sh # for a local run
这是一条蛇形管道。如果你熟悉蛇咬，你可以 检索管道本身及其配置文件，然后使用特定参数自行执行管道：
snakemake -s quality_control.rules -c config.yaml --cores 4 --stats stats.txt
或者使用sequanix接口。在
要求
此管道需要以下可执行文件：
- 快速质控
- bwa公司
- kraken（可选）
- 克朗（可选）
- 桑班巴
- samtools公司
- 皮格斯
- 卡特达普[或阿托波斯]
细节
此管道在输入的fastq文件上并行运行quality\u control（成对或不成对）。 同时还制作了一份简短的Seguana摘要报告。在
规则和配置详细信息
这是latest documented configuration file 与管道一起使用。管道中使用的每个规则在配置文件中可能有一个部分。在
变更日志
^{tb2}$- 项目
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