将来自不同项目（flowcells）的FastQ合并到单个项目中
sequana-merge-flowcells的Python项目详细描述
这是来自Sequana项目的merge}flowcells管道
| Overview: | Merge gzipped FastQ files from several flowcells |
|---|---|
| Input: | set of identically named FastQ files from several directories |
| Output: | merged FastQ files stored in an output directory. |
| Status: | mature |
| Citation: | Cokelaer et al, (2017), ‘Sequana’: a Set of Snakemake NGS pipelines, Journal of Open Source Software, 2(16), 352, JOSS DOI doi:10.21105/joss.00352 |
安装
必须先安装Seguana：
pip install sequana
然后，只需安装以下软件包：
^{pr2}$使用
sequana_pipelines_merge_flowcells --help sequana_pipelines_merge_flowcells --input-directory DATAPATH
这将创建一个包含管道和配置文件的目录。然后你需要 要执行管道：
cd merge_flowcells sh merge_flowcells.sh # for a local run
这是一条蛇形管道。如果你熟悉蛇咬，你可以 检索管道本身及其配置文件，然后使用特定参数自行执行管道：
snakemake -s merge_flowcells.rules -c config.yaml --cores 4 --stats stats.txt
或者使用sequanix接口。在
要求
此管道需要以下可执行文件：
- 塞奎纳
- 皮格斯
- zcat公司
细节
此管道在输入的fastq文件上并行运行merge\u flowcells（成对或不成对）。 您必须至少提供两个子目录。你可以提供更多。 输入的FastQ文件必须在当前版本中压缩。输入FastQ 在第一个mut目录中找到的文件可以在所有后续目录中找到。在
规则和配置详细信息
这是latest documented configuration file 与管道一起使用。管道中使用的每个规则在配置文件中可能有一个部分。在
变更日志
^{tb2}$- 项目
标签：
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