sequana-fastqc 1.1.0

安装

必须先安装Seguana（使用–upgrade可安装最新版本）：

pip install sequana --upgrade

然后，只需安装以下软件包：

使用

此命令将扫描以结尾的所有文件。速成gz在当地发现的 目录，创建一个名为fastqc/的目录，其中有一个snakemake管道 自动启动。根据文件的数量和大小 过程可能很长：

sequana_fastqc --run

了解更多关于选项的信息（例如，添加一个不同的模式来限制 执行输入文件的子集，更改输出/工作目录， 等等）：

sequana_pipelines_fastqc --help
sequana_pipelines_fastqc --input-directory DATAPATH

这将创建一个目录fastq。您只需执行管道：

cd fastqc
sh fastqc.sh  # for a local run

这是一条蛇形管道。如果你熟悉蛇咬，你可以取回快速质控规则以及配置.yaml文件，然后使用特定参数自行执行管道：

snakemake -s fastqc.rules --cores 4 --stats stats.txt

或者使用sequanix接口。在

请参阅Wiki了解更多示例和特性。在

教程

您可以从sequona_fastqc（https://github.com/sequana/sequana_fastqc）或键入以下内容来检索测试数据：

wget https://raw.githubusercontent.com/sequana/sequana_fastqc/master/sequana_pipelines/fastqc/data/data_R1_001.fastq.gz
wget https://raw.githubusercontent.com/sequana/sequana_fastqc/master/sequana_pipelines/fastqc/data/data_R2_001.fastq.gz

然后，准备管道：

sequana_fastqc --input-directory .
cd fastqc
sh fastq.sh

# once done, remove temporary files (snakemake and others)
make clean

只需打开名为摘要.html. 还提供多重质量控制报告。 您将获得如下所示的预期图像：

请参阅Wiki了解更多示例和特性。在

要求

此管道需要以下可执行文件：

• 快速质控
• falco（可选）
• seguana（Python:pip install seguana）

对于Linux用户，我们通过damona提供了一个singularity映像：

pip install damona
damona install fastqc
# and add the ~/.config/damona/bin path to your binary PATH

细节

此管道在输入的fastq文件上并行运行fastqc（成对或不成对） 然后执行multiqc。同时还制作了一份简短的Seguana摘要报告。在

规则和配置详细信息

这是latest documented configuration file 与管道一起使用。管道中使用的每个规则在配置文件中可能有一个部分。在

变更日志

贡献和行为准则

为了对这个项目有所贡献，请看一下 Contributing Guidelines先。请注意，此项目发布时带有 Code of Conduct。为本项目捐款即表示您同意遵守其条款。在