sequana-bioconvert 0.8.1

安装

必须先安装Seguana：

pip install sequana

然后，只需安装以下软件包：

使用

sequana_pipelines_bioconvert --help

您需要提供希望使用执行的转换类型 –command参数。您还需要说明预期的扩展类型 包括压缩（gz、bz2或dsrc识别）。最后 –input directory和–input pattern必须用于查找输入 文件：

sequana_bioconvert --input-directory . --input-ext fastq.gz --output-ext
    fasta.gz --command fastq2fasta --input-pattern "*.fastq.gz"

这将创建一个包含管道和配置文件的目录。然后你需要 要执行管道：

cd bioconvert
sh bioconvert.sh  # for a local run

这是一条蛇形管道。symbol在中创建到输入数据的链接 存储在./output目录中的./input目录和结果。在

看到了吗生物转化.readthedocs.io有关bioconvert本身的详细信息。在

如果您熟悉snakemake，则可以检索管道本身及其 配置文件，然后使用特定参数自行执行管道：

snakemake -s bioconvert.rules -c config.yaml --cores 4 --stats stats.txt

或者使用sequanix接口。在

要求

此管道需要以下可执行文件：

• 生物转化

细节

此管道在输入的fastq文件上并行运行bioconvert（成对或不成对）。 同时还制作了一份简短的Seguana摘要报告。在

规则和配置详细信息

这是latest documented configuration file 与管道一起使用。管道中使用的每个规则在配置文件中可能有一个部分。在

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