管理序列对齐
seqalign的Python项目详细描述
seqalign
管理序列对齐
安装
pip3 install seqalign
或
pip3 install --user seqalign
示例
withSequenceAlignment(<pathtoinputBAMorFASTQfile>)assa:sa.cleans_up_bam=Falsesa.remove_supplementary_alignments()sa.samtools_sort(memory_limit=10)sa.samtools_index()sa.write(<pathtooutputBAMfile>)
注释
SequenceAlignment()
的input_file
参数应该是
单端读取或已对齐的数据。对于原始的成对末端读取,
它应该是一个包含两个字符串的元组,给出两个字符串的路径
fasta/fastq文件。