scipion-em-relion 1.0.7

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

1. 稳定版本

   scipion installp -p scipion-em-relion
   

2. 开发人员版本

   • 下载存储库

   git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-relion.git
   

   • 安装

   scipion installp -p path_to_scipion-em-relion --devel
   

ReXON源将通过插件自动下载和编译，但也可以链接现有的安装。假定默认安装路径为software/em/relion-3.0，如果要更改，请将scipion.conf文件中的relion_home设置为安装relion的文件夹。如果需要使用与scipion安装期间使用的cuda不同的cuda（由cuda-lib定义），可以将relion-cuda-lib变量添加到配置文件中。此外，如果必须使用与scipion mpi不同的mpi进行relion，则可以在shell环境中设置relion mpi bin和relion mpi lib变量，scipion将识别这些变量。

要检查安装，只需运行以下scipion测试之一：

scipion test pyworkflow.tests.em.workflows.test_workflow_streaming.TestRelionPickStreaming
scipion test pyworkflow.tests.em.workflows.test_workflow_streaming.TestRelionExtractStreaming
scipion test pyworkflow.tests.em.workflows.test_workflow_mixed_large.TestMixedRelionTutorial
scipion test relion.tests.test_workflow_relion3.TestWorkflowRelion3Betagal
scipion test relion.tests.test_convert_relion.TestReconstruct
scipion test relion.tests.test_convert_relion.TestConvertBinaryFiles
scipion test relion.tests.test_convert_relion.TestConversions
scipion test relion.tests.test_convert_relion.TestAlignment
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionSubtract
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionSortParticles
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionRefine
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionPreprocess
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionPostprocess
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionLocalRes
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionInitialModel
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionExtractParticles
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionExtractMovieParticles
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionExportParticles
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionExpandSymmetry
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionCreate3dMask
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionClassify3D
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionClassify2D
scipion test relion.tests.test_protocols_relion.TestRelionCenterAverages
scipion test relion.tests.test_workflow_relion.TestWorkflowRelionPick
scipion test relion.tests.test_workflow_relion.TestWorkflowRelionExtract

执行scipion test --show--grep relion

支持的版本

2.0.4、2.1、3.0

2018年，插件更新为支持最新的relion:3.0。这需要大量的代码重构，旧的relion版本（1.x）的支持不得不停止。许多新的协议，特别是我们添加的新relion版本。欢迎您查看并给我们反馈。我们仍在修复与Relon 3支持相关的几个问题，请让我们知道如果某些东西不能正常工作。

协议

• 二维分类
• 3D自动优化
• 三维分类
• 三维初始模型
• 三维多体
• 自动拣选
• 自动拣选日志
• 贝叶斯抛光
• 中心平均值
• 创建三维遮罩
• CTF优化
• 展开对称性
• 出口CTF
• 导出粒子
• 局部分辨率
• motioncor
• 电影粒子提取
• 颗粒抛光
• 粒子提取
• 后处理
• 预处理粒子
• 重建
• 对粒子排序
• 减去投影
• 使体积对称化

参考文献

1. Scheres等人，JMB，2012年
2. Scheres等人，JSB，2012年
3. Kimanius等人，Elife，2016年
4. Zivanov等人，Elife，2018年