scipion-em-nysbc 1.0.3

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

1. 稳定版本

scipion installp -p scipion-em-nysbc

1. 开发人员版本

   • 下载存储库

   git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-nysbc.git
   

   • 安装

   scipion installp -p path_to_scipion-em-nysbc --devel
   

3DFSC二进制文件将自动安装，插件位于 {STR 1 } $软件/EM/NYSBC3DFSC-2.5，但您也可以链接现有的安装。

重要：您需要康达（miniconda3或anaconda3） 预安装以使用此程序。

配置变量

conda_activation_cmd：如果未定义，它将依赖于 路径（不推荐），这可能导致混合问题的执行 Python和康达的。下面可以看到一个例子，但是 根据conda版本和shell的不同，您需要一些不同的东西： conda_activation_cmd=eval“$（/extra/miniconda3/bin/conda shell.bash hook）”

nysbc\u 3dfsc\u home（默认值为software/em/nysbc3dfsc-2.5）： 安装3DFSC的路径。

nysbc_3dfsc_activation_cmd（默认值为conda activate fsc）： 激活3dfsc环境的命令。

验证

要检查安装，只需运行以下scipion测试： scipion test nysbc.tests.test_protocols_nysbc.TestNysbc3DFSC

支持的版本

2.5、3.0

协议

• 三维FSC

参考文献

1. 谭咏子，菲利普R鲍德温，约瑟夫H戴维斯，詹姆斯R威廉森，克林顿S波特，布里奇特卡拉格和德米特里柳姆基斯。通过倾斜来确定单粒子冷冻中试样的择优取向。《自然方法》第14卷，第793-796页（2017年）。