SBML的解析器
rust_sbml的Python项目详细描述
铁锈
Systems Biology Markup Language (SBML)的解析器：
入门
铁锈
把它加到你的货物.toml没有默认功能可以避免所有 PyO3麻烦。在
[dependencies.rust_sbml]version="0.3.0"default_features=false
例如
^{pr2}$见write_to_file.rs 有关序列化到文件的示例。在
Python
它只在Linux上测试过。在
使用pip
pip install rust_sbml
来自源
克隆存储库。在
git clone https://github.com/carrascomj/rust_sbml.git
你需要maturin来建造它。在
python -m pip install maturin
- 本地生成
maturin build --release pip install .
在 - 基于virtualenv构建（不需要pip安装）
# --release can be omitted to speed up compilation time maturin develop --release在
安装后，您可以将其用作普通的Python包。在
fromrust_sbmlimportModelsbml=Model("examples/EcoliCore.xml")reaction=sbml.getListOfReactions()[0]print(reaction.getListOfReactants())
里程碑
- [x]
getListOfSpecies()（id，name） - [x] {（姓名}（姓名^）
- [x]
getListOfReactions()（id，name）- [x]
.getListOfReactants()（id，name） - [x] .
getListOfProducts()（id，name）
- [x]
- [x] 能够检索FBC边界。在
- [x] 发布到pypi
- []动力学定律。在
- []元数据。在
- [x] 带有python调用的测试套件。在
- [x] 通过cobrapy比较libsbml的测试套件。在
许可证
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- Apache许可证，版本2.0，（LICENSE-APACHE或http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0）
- MIT许可证（LICENSE-MIT或http://opensource.org/licenses/MIT）
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