thermo/finnigan.raw文件格式读取器
rawprasslib的Python项目详细描述
##rawprasslib
rawprasslib提供finnigan.raw文件格式解码器,用于将thermo/finnigan谱加载到python代码中。
该项目处于实验状态,因此请在重新使用它之前验证它是否在您的案例中提供了有意义的输出。此时受支持的计算机数量非常少。如果你想让你的机器得到支持,请给我一些样品光谱。我不保证我有空看,但值得一试。
##用法 rawprasslib的设计目的是通过python实现快速的高级数据处理,这在原始软件中是不容易实现的。
>;!#/usr/bin/env蟒蛇3
>;从rawparse导入加载raw
>;将numpy导入为np
>;导入日志记录
>;…
>;…
>;色谱图,质量,离子扫描=加载原始(文件名)
色谱图是采集次数和采集期间总离子电流的np数组。(np.数组([次数[],强度[]])
质量是从最低到最高的扫描质量的np数组。因为在整个采集过程中它应该保持不变,所以只提供一个质量阵列。(np.数组[质量])
矩阵是在每次采集期间采集的强度的np数组。它是二维np.阵列,其中第一维计数应与采集次数相关,第二维计数应与每次采集期间扫描的质量数相关。
##测试仪器 我们已经针对tsq-7000、lcq deca、lcq max和ltq machines.raw输出文件测试并优化了代码。
##已知缺点 如果在采集过程中更改了扫描范围或扫描速度/扫描分辨率等采集参数,则此时解释器将失败。
##安装 >;pip安装rawprasslib