快速导入和查看实验数据的python应用程序
radie的Python项目详细描述
快速数据导入环境(radie)
版权所有(C)3M公司,2018,
许可证:GPL版本2
radie是一个python包,主要用于使用pandas的实验数据 对于数据结构
半径的目的是消除加载和可视化的痛苦。 实验数据。它不是为了复杂的阴谋或美丽 图片,但重点是快速聚合实验数据 存储在文件中的单个位置,以便快速可视化。
图形用户界面演示
上面的屏幕截图显示了三个不同的实验文件(rigaku xrd文件、粒度分布和idea vsm文件)同时加载到程序中,并使用os文件浏览器进行拖放。从那里我们初始化新的可视化,然后将数据集拖到可视化中。每个可视化都是为特定的目标量身定做的,无论是查看xrd文件、psd文件的特殊性,还是在xy散点图中绘制柱状数据的一般需要。整个过程只需几秒钟,只要编写了合适的加载插件,用户就可以快速查看和显示任何类型的实验数据。
python用法
importradieasrddf=rd.DataStructure(data=[1,2,3],name="data frame")print(df.metadata["name"])print(df.metadata["date"])csv_df=rd.load_file("my_random_data.csv")# unspecified csv datapow_df=rd.load_file("powder_diffraction_measurement.ras")# powder diffraction dataprint(pow_df.metadata["name"])vsm_df=rd.load_file("magnetization_v_field.txt")# VSM measurementprint(vsm_df.metadata["name"])vsm_df.savetxt('my_vsm_file.df',overwrite=True)# save as a csv with metadata# in a commented json blockvsm_reread=rd.load_file('my_vsm_file.df')# will read in savetxt output with# proper class and metadata info
启动pyqt gui
python -m radie.qt.viewer
要求
- 努比
- 熊猫
另外,对于gui应用程序:
- Pyqt=5.6
- PyqtGraph=0.10
可选
- Pywin32(仅限Windows)
安装
pip install radie
要使用Pyqt图形用户界面,还必须安装Pyqt5和PyqtGraph:
pip install radie PyQt5 pyqtgraph
有关最新更新,请克隆此repo并将radie/添加到pythonpath中
在Windows上,运行install_windows_shortcut.py
脚本将安装
用于radie的shorcuts使用的python可执行文件与用于
运行安装脚本。这需要pywin32。
亮点
- 核心功能:
- structuredataframe-基类,只是一个pandas数据框 更具体的限制、元数据和模板 子类
- 通用文本文件格式-这只是一个csv文件,其中的元数据 附加到.metadata属性将转换为json对象 并存储在顶部的注释块中。
- CSV进口商在某些结构假设下试图:
- 自动确定分隔符
- 自动查找CSV数据块
- 自动确定标题
- 忽略前面的元数据
- 基于qt的gui查看器,可拖放文件和 数据集比较
- 可扩展,因为(几乎)所有东西都是插件
- structureddataframe子类指定结构化数据 (添加您自己的!)
- 结构化数据的自定义可视化,基于任何合适的 进入qmdisbwindows(我使用pyqtgraph)
- 为每个受支持的文件类型编写的文件加载程序,注册到 系统使radie.load_文件能够自动检测 并加载注册的文件类型
- **图形用户界面保存文件将所有快速分析保存在一个位置 每个插件都以json格式指定自己的存储数据 数据结构具有通用的保存格式
**已计划,但尚未实施
当前支持的文件类型
- 粉末衍射:
- rigaku(.asc,.ras)
- 布鲁克(.raw(v2))
- gsas(.raw,.gsas,.fxye)
- 振动样品磁强计:
- 湖岸(.dat,.txt(场V矩))
- 粒径分布:
- HORIBA LA-960(.csv)
- 热重分析
- TA仪器Q500(.001,.002,003)
- 差示扫描量热法
- TA仪器Q2000(.001、.002、.003)
视野
radie不能替代origin、igor、qtiplot或类似的gui 科学绘图/分析软件包。相反,radie有 以下目标:
- 导入数据文件,具有拖放和自动文件类型
侦查
- 粉末衍射数据
- 频谱数据
- 任何映射到Pandas结构数据帧的数据
- 数据集与自动生成数据集的快速比较
使用拖放的可视化效果
- 我不想画情节,我想把它们形象化, 软件应该为我绘图
- 为更复杂的操作提供与python的合理互操作性
- matplotlib,bokeh,随便,我想快点 在gui中进行可视化和比较,我将完成 某物的复杂分析与疯狂图形绘制 更灵活,如Jupyter笔记本
- 强剪贴板集成
- 所有类型数据的通用文件保存方案
- 保存我收集的数据集和可视化效果
- origin/qtiplot软件实际上不是我喜欢的 分析数据,但保存数据集和 单点绘图
- jupyter笔记本/matplotlib在 分析数据,但所有这些灵活性都会把事情搞砸 在未来,把所有的东西都放在一起会很好 我可以随时带着 双击鼠标
- 合理导出到excel
- Excel是共享/可视化1-D的最广泛的格式 数据集和这些数据集实际上无处不在。快速 按钮,使Excel文件与非程序员共享 外面有关键的(目前仅限Windows)
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