python中天文干涉仪数据集的接口
pyuvdata的Python项目详细描述
pyuvdata
快速全息反卷积)可见性保存文件。
动机
三个主要目标是:
- 为数据格式之间的转换提供一个高质量的、有据可查的路径
- 用最少的软件支持直接使用python中的数据集
- 通过可读代码和高质量的在线文档提供精确的数据定义 < > >
- uvdata:支持干涉数据(可见性)和相关元数据
- uvcal:支持干涉校准解决方案(基于天线)和 相关元数据(注意,这是一个相当新的对象,请将其视为beta版本)
- uvbeam:支持主光束(电场或功率)和相关元数据 (请注意,这是一个新的对象,而且非常具有实验性,请将其视为alpha版本)
- miriad已经用aipy风格的miriad文件进行了彻底的测试。 使用ATCA文件进行测试
- uvfits符合aips备忘录117(截至2015年5月)。它是根据 FHD,CASA和AIPS。然而,aips仅限于<;80个天线和casa uvfits 导入似乎不支持255个天线。
- uvh5是基于hdf5的文件格式,由hera collaboration定义, 有关详细信息,请参见uvh5备忘录。注意这是一个 新格式仍在开发中,请考虑它是测试版, 但我们将努力使未来的版本向后兼容当前的格式。 它可能与其他组定义的其他干涉HDF5文件不兼容。
- FHD(只读支持,根据MWA和纸张数据进行测试)
- CASA测量装置(只读支持)
- calfits:pyuvdata中定义的新格式,详细信息请参见calfits备注。 请注意,此格式是最近定义的,可能会在以后的版本中更改, 基于用户需求。认为是测试版,但我们会努力 使未来版本向后兼容当前格式。
- FHD校准文件(只读支持)
- 规则网格适合电子场和电源光束
- 非标准healpix适用于e-field和power光束(在imagehdu中 而不是支持频率、极化和电场矢量轴的二进制表)
- 对cst-beam文本文件的读取支持,具有为 元数据,详细信息:cst设置文件
- uvdata:uvh5文件格式(beta版本),请注意这可能不是 与其他组定义的其他干涉HDF5文件兼容。
- uvcal:object和calfits文件格式(beta版)
- uvbeam:对象和beamfits文件格式(alpha版本)
- uvdata:相位(和uvw坐标上的精度)只知道 在3km基线上良好至2cm(这受到测试文件精度的限制, 有关详细信息,请参见阶段化备忘录。
- uvdata:当前不支持多光谱窗口或多个源
- uvdata:添加对编写casa测量集的支持
- uvbeam:支持相控阵天线波束(如mwa波束)。
- uvcal/uvdata:对数据应用校准的方法。
- 包版本检测可能会导致直接从 一些用户的回购协议(请参见问题590)
- numpy>;=1.15
- scipy
- Astropy=2.0
- h5py(用于读写uvh5格式)
- python casacore(用于使用casa测量集)
- healpy(用于处理healpix格式的梁)
- pyyaml(用于处理cst beam文件的设置文件)
- 亚当·比尔兹利(亚利桑那州立大学)
- bryna hazelton(华盛顿大学)
- 丹尼尔·贾克OBS(亚利桑那州立大学)
- 保罗·拉普兰特(宾夕法尼亚大学)
- 乔纳森·波伯(布朗大学)
套餐详情
pyuvdata有三个主要的用户类:
uvdata文件标准注释
uvcal文件格式
uvbeam文件格式
开发中
已知问题和计划改进
有关详细信息,请参见问题日志
社区指南
为这个包添加新的文件格式或地址 问题日志中的问题 非常受欢迎,bug报告和特性请求也是如此。 请参阅我们的《贡献指南》。
版本控制
我们使用 有关示例使用和开发人员api文档的教程位于
阅读文档 pyuvdata最初是在低频21cm社区开发的,用于支持
校准与前景数据的开发与交换
减法管道。特别关注支持漂移和
相控阵模式。 请引用我们的joss论文引用pyuvdata: Hazelton等人(2017),PyuvData:天文干涉仪的接口
python中的数据集,《开源软件杂志》,2(10),140,doi:10.21105/joss.00140
为了便于安装,可通过conda获得最新的稳定版本
(首选: 特定功能需要一些可选的依赖项,
它不会由conda或pip自动安装。
有关安装可选依赖项的详细信息,请参见依赖项。 使用克隆存储库
导航到pyuvdata目录并运行 要在不依赖项的情况下安装,请运行pip install--no depsgeneration.major.minor
版本号格式。我们使用生成
对于非常显著的改进或重大重写,数字
表明包装有重大变化(计划每3-4个月发布一次)
以及用于发布较小增量更新的
minor
编号(旨在
大约每月发布一次,通常不包括破坏API
变化)。我们尽力提供一个重要的时期(通常是两个主要时期
对api的所有中断更改发出的弃用警告。
我们跟踪我们的更改日志中的所有更改。
文档
历史记录
引文
安装
conda install-c conda forge pyuvdata
)或pip(pip install pyuvdata
)。(可选)安装开发版本
git克隆https://github.com/radioastronomysoftwaregroup/pyuvdata.git
pip安装。
(注意python setup.py install
不起作用)。
请注意,这将尝试自动安装任何缺少的依赖项。
如果您使用anaconda或其他包管理器,您可能希望首先安装
依赖项,如依赖项中所述
编译二进制扩展模块以便成功运行
必需: 可选: numpy和astropy版本很重要,因此请确保它们是最新的。 我们建议使用conda安装所有依赖项。如果要安装
python casacore和healpy,需要添加conda forge作为通道
( 如果不想使用conda,那么pypi上也提供了大多数包
(除了python casacore,请参阅下面该包的详细信息)。 Python CAasCORE需要CASACORC++库。安装方便
使用conda( 如果您不想使用CONDA,则可以使用CAASCORE C++库
通过kern套件的ubuntu。在OSX上,Casacore是
可通过ska sa brew tap获得。
python casacore库(带有手动安装说明)位于
https://github.com/casacore/python-casacore 使用 python数据的主要接口是通过uvdata对象。它提供
从所有支持的文件格式(uvfits、miriad、uvh5、fhd、
CASA测量装置),并输出到uvfits、miriad和uvh5格式和can
直接与之互动。同样,主要校准和光束
接口通过uvcal和uvbeam对象。uvdata的属性,
uvcal和uvbeam对象在uvdata_参数、uvcal_参数中描述
以及uvbeam_参数说明,请访问https://pyuvdata.readthedocs.io rel="nofollow">https://pyuvdata.readthedocs.io或
这里 pyuvdata由rasg管理器维护,当前包括: 请使用《贡献指南》中讨论的频道
用于与代码相关的讨论。如果需要,您可以私下联系我们
rasgmanagers@gmail.com导入pyuvdata
从git签出的顶级目录,运行:
python setup.py build_ext--就地
依赖关系
conda config—添加频道conda forge
)。安装python casacore
python casacore
在conda forge上)。测试
pytest
包执行测试套件。
从源pyuvdata目录运行pytest
或python-m pytest
API
维护人员
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