pytmt从Crux Percolator输出返回ms2 tmt量化值
pytmt的Python项目详细描述
PyTMT从Crux/Percolator输出返回ms2串联质量标记量化值。在
入门
要求
安装python3.6+和pip。有关操作系统的具体说明，请参见Python网站上的说明。在
从PyPI安装pytmt。我们建议使用虚拟环境。在
$ pip install pytmt
运行
将pytmt作为Python模块启动（用法/帮助）
^{pr2}$控制台入口点：
$ pytmt
示例命令：
$ python -m pytmt /path/to/mzml/ /path/to/percolator/ -o /path/to/output/
测试测试数据文件的安装并从ProteomeExchange下载两个测试mzml文件：
$ pip install tox
$ tox
要对测试数据文件运行pytmt并将文件打印到桌面：
$ pytmt tests/data/mzml tests/data/percolator -o ~/Desktop/pytmt2
先决条件
pytmt在Python 3.6、3.7和3.8中进行了测试，需要以下软件包：
pandas>=1.0.4
pymzml==2.4.6
tqdm>=4.46.0
贡献
如果您希望提供帮助，请联系我们，并向我们提交拉取请求。在
作者
- Edward Lau，博士-代码/设计-ed-lau
- Maggie Lam，博士
许可证
这个项目是在麻省理工学院许可下授权的-有关详细信息，请参阅许可文件
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
