帮助处理和解释质谱数据的python库。
pythoms的Python项目详细描述
mass spec python工具：mass spec使操作更简单
这是什么？
这是帮助处理和解释质谱数据的脚本集合。
该项目由维多利亚大学的Lars Yunker创建，维多利亚，B.C.
要求和安装：
这个包是为python 3.5+编写的。
入门
这个框架在pypi上可用。要安装，请执行
pip install pythoms
在命令行中。
pypi安装不包括此存储库中的脚本。
如果希望使用这些脚本，请将整个存储库下载到
文件夹，运行pip install -r requirements.txt
文件夹作为当前工作目录（安装依赖项），
并根据需要执行脚本。
- 对直接应用脚本感兴趣的python用户可以编辑 在文件中输入参数。
- 开发人员可以导入许多类来创建为 他们的需要。
错误和贡献
如果遇到错误，请在github中提交一个问题 尽可能多的信息。
有帮助的内容包括：
- 您试图解析的原始文件（首先压缩它）
- 您使用的确切参数
- 提供给脚本的任何其他文件
- 错误输出
我们欢迎投稿，所以如果你有兴趣投稿请 发电子邮件给拉西[在]uvic{dot}ca.特别是，我们需要mzml文件 数据不是由蛋白质向导生成的示例（最初来自 水乐器）。
脚本：
pyrsir
此脚本接受提供的原始文件和参数文件，并生成 重建单离子监测记录道。具体说明 关于使用pyrsim脚本，请参见this tutorial video
同位素模式叠加
获取提供的质谱并覆盖预测的同位素模式 在上面。
视频帧渲染器
生成一系列显示质谱和 可以合并成视频的痕迹。
Y轴缩放图
呈现一系列放大到Y轴的图像来说明 质谱仪的动态范围。
突出显示的模块
分子
包含描述分子物理化学性质的类。
IPMolecule类包含预测
所述分子的同位素模式。
光谱
包含一个用于组合不同 塑造和管理不切实际的精确x值。
mzml
包含用于以pythonic方式与mzml文件交互的类。
许可证
这些工具是根据麻省理工学院的许可证授权的。
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