未知
PySurve的Python项目详细描述
PySurvey是一个Python包，用于对调查数据进行交互式分析，该数据包由样本集合中不同类别的出现次数组成。 具体地说，PySurvey是在基因组调查（例如16s调查）的背景下开发的，在16s调查中，人们研究样本中otus的发生。 尽管PySurvey的许多功能并非调查数据所独有，并且在许多其他软件包中实现了等效的功能，PySurvey旨在充当“一站式服务”，因此试图包括基因组调查数据分析中常用的所有方法（通常通过包装其他软件包）。合理选择默认参数（如距离度量等）。
PySurvey基于强大的pandas包，它提供丰富的数据结构 为大型数据表的交互分析量身定制和优化。
PySurvey资源
主要功能
- General utility:
- Metadata support.
- Filtering of samples/components.
- ML and Bayesian estimation of component fractions.
- Exploratory analysis:
- Dimension reduction: PCoA.
- Clustering: hierarchical, gaussian mixture models GMM.
- Compositional correlations via SparCC.
- Plotting: sorted heatmaps, stacked plots, …
- Ecological theory:
- Sample diversities (alpha diversity).
- Rarefaction.
- Rank abundance plots.
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