用于处理SPM和TOF模拟人生数据的库
pySPM的Python项目详细描述
PYSPM
pyspm是一个python库（python3，但应该与python2兼容），用于读取、处理和绘制扫描探针显微镜（spm）图像以及tof sims数据。
目前它支持以下格式：
- nanoscan.xml文件格式
- 布鲁克
- 离子飞行时间模拟人生文件格式：
ITA/LI> <> - nanonis sxm文件
重要
这个图书馆按原样提供，目前仍在开发中。请注意，读取原始数据是通过逆向工程和猜测完成的，而不是使用手册，因为文件格式是专有的。对于这个库的开发人员使用的数据，它似乎工作得很好，但不能保证这个库能够正确地处理您自己的特定数据。
如果发现错误和问题，请向开发人员报告：https://github.com/scholi/pyspm/issues" rel="nofollow">https://github.com/scholi/pyspm/issues
依赖关系
此库需要以下程序包
- 修补的
- 努比
- scipy
- matplotlib
PCA的LI> - SCIKIT学习
- 熊猫
- Pyqt5
- 显示progressbar（同时将prog=true参数传递给函数）
- 全面质量管理
安装
只需打开一个终端（在windows上点击键[windows]+r，然后键入cmd，然后
[输入]）
pip install pySPM
文档
文档仍处于早期阶段 阅读文档
另外还有一个tof sims数据的pyspm简介
引用
如果你用这个图书馆做你的工作，请考虑引用它。
奥利维尔·斯科尔德。（2018年11月28日）。学校/PYSPM:PYSPM v0.2.16（版本v0.2.16）。Zenodo。http://doi.org/10.5281/zenodo.998575
新闻
ITA文件是可写
从现在起，您不仅可以查看ita文件，还可以通过将参数readable=false提供给pyspm.ita或pyspm.itm来编写它们。目前这仍然是一个非用户友好的过程，但是您可以使用edit_block（）函数编辑每个itstr块。小心，因为如果新数据的大小与旧数据不同，则会创建新块，但旧块也会保留。这意味着您的ITA文件大小将增加。
您还可以使用更友好的功能添加新频道和图像pyspm.ita.add_new_images（）。
：警告：强烈建议在进行任何更改之前复制ITA文件。在进行任何更改之前，您可以使用以下代码在临时ITA中复制ITA。
fromshutilimportcopyfileimportpySPMcopyfile(filename,"temp.ita")A=pySPM.ITA("temp.ita",readonly=False)
新工具
图书馆有三个脚本，让你的生活更轻松。这些脚本位于脚本目录中的python文件夹中。您也可以从命令行运行它们。
稳定性
允许您选择测量文件夹，并显示发射电流和抑制器电压的时间/扫描号功能。
这允许您在测量期间验证源的稳定性。
有关详细信息，请参见wiki
绘图仪
允许您打印日志文件记录的参数。如果surfacelab正在运行，这个脚本将检测哪个日志文件正在被保存，并将实时显示值（为了添加新数据，每3秒刷新一次绘图）。还可以将日志文件路径作为第一个参数提供（或者在Windows中，可以将日志文件拖放到绘图仪应用程序上）。
有关详细信息，请参见wiki
计时器
如果您正在使用SurfaceLab，此应用程序将显示一个小的测量进度条，并将根据运行时间、扫描总数和扫描运行次数计算剩余时间。
有关详细信息，请参见wiki
光谱
该工具可以显示光谱，快速可视化峰值分配和进行快速质量校准。
您可以将ita文件名作为参数，或者如果没有，gui文件对话框将要求您提供一个。你会看到你的光谱。
您可以使用鼠标滚动条进行导航以放大和缩小。你可以使用键盘将你的光谱移动1道尔顿。您可以使用鼠标左键并拖动来移动光谱。通过鼠标右键单击一个测量峰值（按住鼠标）移动到要指定峰值的元素标记并释放鼠标，可以执行非常快速的质量校准。然后应更新左表中的质量校准值，并实时执行质量校准，以便您可以立即看到更改。
有关详细信息，请参见wiki
玩具数据集
由于数据量大，不需要另一个库包pyspm_数据由多个afm和tof sims数据创建。 从上面的链接下载数据后，您可以使用pip:
pip install pySPM_data-0.2.4-py3-none-any.whl
或用
pip install -U pySPM_data-0.2.4-py3-none-any.whl
欢迎加入QQ群-->： 979659372
