python系统生物学建模框架
pysb的Python项目详细描述
python系统生物学建模框架
pysb(发音为pie ess bee)是一个用于构建基于规则的框架 生化系统的数学模型。它与 科学python库,如numpy、scipy和sympy for model 模拟和分析。
安装
PYSB取决于以下各项:
- numpy
- scipy
- sympy
- Perl - http://www.perl.org/get.html
- BioNetGen - http://bionetgen.org/
有关完整说明,请参见手册的安装章节 http://docs.pysb.org/en/latest/installation.html
文档
手册可在http://docs.pysb.org/在线获取。你也可以 通过安装sphinx并运行 以下命令:
$ cd doc $ make html
然后在您的web浏览器中打开build/html/index.html。