用于系统基因组学的工具，来自NSG集团http://nymphalidae.utu.fi
PyPhyloGenomics的Python项目详细描述
一个研究系统基因组学的软件包。
[[开发中]]
开发人员
- 卡洛斯·佩尼亚（电子邮件：carlos.pena@utu.fi）
- 维克多·索利斯
- 帕维尔马托斯
- 克里斯小麦
安装pyphylogenomics
python v2.7中已经开发了pyphylogenomics。安装者 pyphylogenomics将尝试下载并安装其所有依赖项 好。要安装pyphylogenomics，请使用setup.py:
python setup.py build python setup.py install
如果失败，您可以手动安装依赖项：
安装依赖项：
请求：
包裹是从这里来的。或尝试：
sudo apt-get install python-requests
并行python（p p）：
如果您使用的是ubuntu linux或相关版本：
sudo apt-get install python-pp
否则，请下载源代码并安装p p:
unzip pp-1.6.4.zip cd pp-1.6.4 python setup.py install
生物疗法：
从这里下载并安装。或：
sudo apt-get install python-biopython
美味汤
从这里下载并安装。或：
sudo apt-get install python-bs4
肌肉
有必要安装肌肉，以便pyphylogenomics可以使用 它将序列对齐。从这里下载并安装。
如果您使用的是windows，则可以下载可执行文件 muscle3.8.31_i86win32.exe并将其保存在python文件夹（c:27）中 肌肉.exe。
爆炸
从ncbi网站下载并安装blast+可执行文件。或者 尝试：
sudo apt-get install ncbi-blast+
FastX工具包
从这里下载并安装。或：
sudo apt-get install fastx-toolkit
阅读pyphylogenomics的文档：
请阅读以下在线文档： http://carlosp420.github.io/PyPhyloGenomics/
或者，安装后请执行以下操作：
cd doc make html
然后在Web浏览器中打开文件_build/html/index.html。
再现我们的分析：
你可以复制我们的[开始 pyphylogenomics]指南。只需使用同一文件夹中的命令行 makefile和type make？？？
欢迎加入QQ群-->： 979659372
