pype9 0.2

链接

• 文档：http://pype9.readthedocs.org
• 邮件列表：NeuralEnsemble Google Group
• 问题跟踪器：https://github.com/NeuralEnsemble/pype9/issues

支持的模拟器

PYPE9可与下列任一或两种模拟器后端一起工作

• Neuron>；=7.3
• NEST>；=2.12.0

如何在不同平台上安装这些模拟器的详细说明 可以在Installation documentation中找到。

不支持nineml

NineML旨在成为神经模拟的综合描述语言。这个 意味着它允许表达一些不常见的配置 很难在Neuron和NEST中实现。计划让神经元 在pype9中嵌套管道完全支持NineML，但是在此之前 以下限制适用于可与PYPE9一起使用的模型。

• 突触必须是线性的
• 突触只能有一个变量在投影上变化（例如 重量）
• 种群之间没有重复的模拟连接（例如间隙连接）
• 每个单元格只有一个事件发送端口
• 给NineML元素的名称没有转义，因此可能与 内置关键字和一些pype9方法名（例如，“lambda”是保留的 python中的关键字）。请避免使用与C++或Python冲突的名称。 关键字（注意：这将在以后的版本中修复）。

示例

给定保存在NineML中描述的单元格模型 my_hodgkin_huxley.xml，模拟器管道可以从命令行运行：

$ pype9 simulate my_hodgkin_huxley.xml#hh_props neuron 100.0 0.01 \
  --play isyn isyn.neo.pkl --record v v.neo.pkl --init_value v -65.0 mV

或者在python脚本中

frompype9.simulator.neuronimportcell,SimulationfromninemlimportunitsasunHodgkinHuxley=cell.MetaClass('my_hodgkin_huxley.xml#hh_class')withSimulation(dt=0.01*un.ms,seed=1234)assim:hh=HodgkinHuxley('my_hodgkin_huxley.xml#hh_props',v=-65.0*un.mV)hh.record('v')sim.run(100.0*un.ms)v=hh.recording('v')

pype9还支持通过与PyNN集成在NineML中描述的网络模型

$ pype9 simulate brunel.xml nest 1000.0 0.01 \
  --record Exc.spike_output Exc-nest.neo.pkl \
  --record Inh.spike_output Inh-nest.neo.pkl \
  --seed 12345

或

frompype9.simulator.neuronimportNetwork,SimulationfromninemlimportunitsasunwithSimulation(dt=0.01*un.ms,seed=1234)assim:brunel_ai=Network('brunel.xml#AI')brunel_ai.component_array('Exc').record('spike_output')brunel_ai.component_array('Inh').record('spike_output')sim.run(1000.0*un.ms)exc_spikes=brunel_ai.component_array('Exc').recording('spike_output')inh_spikes=brunel_ai.component_array('Inh').recording('spike_output')

有关更多示例和管道，请参见pype9文档中的Creating Simulations in Python。

除了simulate命令之外，还有一个plot命令用于 用Matplotlib方便地绘制模拟结果， 以及convert命令，用于在不同序列化之间转换NineML文件 格式（xml、yaml、json和hdf5）和NineML版本（1.0和2.0dev）。见 有关详细信息的文档。