ucsc ``liftover``基因组坐标转换的纯python实现。
pyliftover的Python项目详细描述
Pyliftover是一个库，用于在不同程序集之间快速轻松地转换基因组（点）坐标。
它使用与ucscliftOver tool相同的逻辑和坐标转换映射。
从当前版本（0.2）开始，pyliftover只进行点坐标的转换，即， 与liftOver不同，它不转换范围，也不提供任何处理床文件的特殊工具。 对于单点坐标，它会产生与liftOver完全相同的输出（目前至少使用hg17ToHg18.over.chain.gz文件进行了验证）。
安装
安装包的最简单方法是通过easy_install或pip：
$ easy_install pyliftover
用法
库支持的主要用法示例如下：
from pyliftover import LiftOver
lo = LiftOver('hg17', 'hg18')
lo.convert_coordinate('chr1', 1000000)
第一行将自动从ucsc下载hg17-to-hg18坐标转换chain file， 除非它已经缓存或在当前目录中可用。或者，您可以提供自己的链文件：
lo = LiftOver('hg17ToHg18.over.chain.gz')
lo.convert_coordinate('chr1', 1000000, '-')
lo.convert_coordinate调用的结果是None（如果无法识别源染色体名称）或 新组件。列表可以是空的（在新程序集中删除了轨迹）、具有单个元素（轨迹唯一匹配），或者原则上， 具有多个元素（尽管这对于大多数默认的种内基因组转换来说可能是罕见的）。 注意工具中的坐标是基于0的。也就是说，你可以通过^{tt8}在基因组浏览器中引用一个位置$ 对应于pyliftover术语中的坐标9。
尽管您可以尝试使用任意链文件（如原始的liftOver工具）应用该工具，但对于 同一物种的不同集合之间的坐标。
另请参见
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