pylibseq 0.2.3

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开发部门：

引文

如果您使用此软件进行研究，请引用：

@ARTICLE{Thornton2003-wj,
  title    = "Libsequence: a C++ class library for evolutionary genetic
              analysis",
  author   = "Thornton, Kevin",
  abstract = "UNLABELLED: A C++ class library is available to facilitate the
              implementation of software for genomics and sequence polymorphism
              analysis. The library implements methods for data manipulation
              and the calculation of several statistics commonly used to
              analyze SNP data. The object-oriented design of the library is
              intended to be extensible, allowing users to design custom
              classes for their own needs. In addition, routines are provided
              to process samples generated by a widely used coalescent
              simulation. AVAILABILITY: The source code (in C++) is available
              from http://www.molpopgen.org",
  journal  = "Bioinformatics",
  volume   =  19,
  number   =  17,
  pages    = "2325--2327",
  month    =  nov,
  year     =  2003,
  url      = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14630667",
  language = "en",
  issn     = "1367-4803",
  pmid     = "14630667",
  doi      = "10.1093/bioinformatics/btg316"
}

要求：

• Python3
• 克
一个最新的C++编译器，它是通过标志-STD＝C++ 11兼容的C++ 11。大致上，这意味着gcc>；=4.8和clang>；=3.5。

变更日志（粗略）

• 0.2.0:包已完全重构。现在我们使用pybind11来集成C++和Python。上一个 此项目的版本使用了Cythonapi现在响应libsequence1.9.2。Python>；=3.4是必需的。
• 0.1.9:使内存管理更健壮：更独特的指针而不是原始指针清除扩展类型中的dealloc函数程序包现在设置版本。类名现在是“Python”（与LIB序列的对应类型名称相同），因为从LBScript中混淆了C++名称。从distutils更改为setuptools。文档修复。暴露单倍型多样性和单倍型统计数。第一次（非常α）释放PymStats。
• 0.1.7：改进构建系统添加从github生成的选项。
• 0.1.6:更新到libsequence 1.8.9。add–将cython选项用于setup.py

安装：

对于许多用户来说，安装最新版本的最佳方式是通过bioconda，

conda -c bioconda install pylibseq

最新版本的包可以通过PyPi获得，并且可以与您喜爱的python包管理器一起安装：

$ pip install --upgrade pylibseq

或者，您可以从github安装：

$ git clone http://github.com/molpopgen/pylibseq
$ cd pylibseq
$ git submodule init
$ git submodule update

$ ./configure
$ sudo pip install .

您也可以使用pip从github安装：

$ pip install git+git://github.com/molpopgen/pylibseq

单元测试：

$ ./configure
$ python setup.py build_ext -i
$ python -m unittest discover tests

文档：

• 项目homepage
• Manual