开放生物和生物医学本体的属性图
pygobo的Python项目详细描述
开放生物本体论的性质图
中Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO)的属性图形库 Python。这个库支持将OBO格式的本体读取到python中 数据结构。它还支持生成要加载的cypher语句 将本体放入属性图数据库中，如RedisGraph。在
安装
您可以通过以下方式安装软件包：
pip install pygobo
使用命令行界面
模块可以直接调用，并提供一组基本命令 允许解析、检查、cypher语句生成和加载本体。在
调用是：
^{pr2}$其中operation是以下之一：
parse-解析本体语法cypher-生成cypher create/merge语句load-将本体加载到属性图数据库中structure-输出本体的一般结构
可以通过--scope选项确定操作范围，该选项接受以下值：
all-所有组件ontology-仅顶层本体元数据term-仅本体术语xref-仅交叉引用typedef-仅类型定义。在
scope选项可以多次用于显示不同的项。在
如果省略该文件，则命令将从stdin读取。否则，每个 将按指定的顺序读取和操作指定的文件。在
加载本体属性图
该模块目前支持将本体直接加载到RedisGraph。在
可以为连接到数据库指定以下选项：
--host {name}|{ip}-数据库的主机，默认为0.0.0.0--port {port}-端口，默认为6379--password {password}-数据库密码，默认为无密码--graph {key}-图形键，默认为“obo”
添加--show-query选项将允许您将Cypher语句视为
他们被处决了。在
--scope选项将限制加载到
ontology但假定顺序为：ontology、term、xref、typedef。如果你
违反此顺序，cypher语句可能会失败。在
支持的格式
该库目前只支持OBO格式的本体。也就是说，它当前无法加载OWL/XML格式。在
您可以使用robot tool将OWL/XML格式的本体转换为OBO格式。在
美国石油学会
OBOParser
本体可以很容易地从流源加载：
frompygoboimportOBOParserparser=OBOParser()withopen('ontology.obo','r')asinput:ontology=parser.parse(input)
本体论
本体是一个包含以下字段的简单类：
metadata-本体元数据词典terms-本体术语词典typedefs-本体类型定义词典
有些属性值是结构化字典，有些是元组，有些是元组 都是简单的值。在
生成密码
一旦加载了本体，就可以使用query_generate函数
生成cypher加载语句。用法是：
forqueryinquery_generate(ontology,scope=['ontology']):print(query)print(';')
scope关键字参数是范围值的列表。这些值是
与命令行界面相同（见上文）。在
属性图结构
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