使用python的开源显微镜控制
pygellan的Python项目详细描述
皮格伦
pygellan是一个python库，用于实现显微镜采集控制和数据分析。它与Micro-manager插件Micro-magellan一起工作。目前，pygellan的两个主要特点是硬件控制/数据采集和数据读取。
设置
使用
pip install pygellan安装pygellan（pygellan使用python3.6进行了测试，但也应该使用python3的其他版本）（如果使用pygellan进行采集控制），下载并安装nico stuurman的2.0gamma版本的micro manager。可以找到最新的夜间版本here
采集控制
注意：采集控制api仍在积极开发中。欢迎在此存储库的“问题”选项卡上提供反馈和建议。
要使用pygellan进行采集控制，只需像往常一样打开micro-manager2.0gamma gui并启动micro-magellan插件。以您选择的方式启动python进程（例如终端、ide、jupyter笔记本）。类型：
from pygellan.acquire import MagellanBridge
bridge = MagellanBridge() #establish communication with Magellan
如果成功创建桥对象，则连接到micro magellan并可以使用pygellan.acquireapi的其余部分。
控制Micro Manager核心
micro manager核心提供了诸如捕获图像和控制单个设备等低级功能。例如here。
核心api是在运行时动态发现的，但并不是每个方法都被实现。键入core.并对ipython使用autocomplete是发现哪些函数可用的最佳方法。有关Java版本的核心API（Pygellan最终调用）的文档可以在here中找到。
控制微麦哲伦采集
（正在积极开发中）
请参阅this example了解如何通过python启动和停止micro-magellan采集。
用python读取数据
（示例即将推出…）
欢迎加入QQ群-->： 979659372
