pyGDM2 1.0.9

Python

• python (2.7 or 3.5+, python)
• numpy (numpy)
• python headers (under ubuntu, install the package python-dev or python-devel)

fortran

• fortran compiler (tested with gfortran. gcc)
• openmp (usually comes with fortran. openmp)
• f2py (comes with numpy. link)

可选的python包

• scipy >= v0.17.0, lower versions supported with restrictions (Strongly recommended. Used for standard solver LU decomposition and several tools. scipy)
• matplotlib (Strongly recommended. For all 2D visualization tools. matplotlib)
• mpi4py (for MPI parallelized calculation of spectra. mpi4py)
• mayavi (for all 3D visualization. mayavi)
• PIL (image processing. PIL)
• pathos (for multi-threaded generalized propagator operations. pathos)
• pytables (v3.x recommended. For hdf5 saving/loading of simulations. pytables)
• PaGMO / PyGMO (version 2.4+. Required for the EO submodule. pagmo)
• pycuda (tested with version 2018.1, for GPU-based matrix inversion. pyCUDA, for problems during installation with pip, see solution proposed here)
• scikit-cuda (tested with version 0.5, for GPU-based matrix inversion. scikit-cuda)

（全部通过pip提供）

通过PIP

通过

$ pip install pygdm2

通过设置脚本

最容易编译（和安装）pygdm的方法是通过 安装脚本，它使用来自numpy的扩展distutils。

要安装pygdm，请在源目录中运行：

$ python setup.py install

要安装到用户定义的位置，请使用prefix选项：

$ python setup.py install --prefix=/some/specific/location

要只编译而不安装，请使用

$ python setup.py build

手动编译

1. 克隆git:

   $ git clone https://gitlab.com/wiechapeter/pyGDM2.git
   

2.apython 2.7：编译fortran部分：

$ cd fortranBase
$ make

2.bpython 3.5+：

$ cd fortranBase
$ make python3

1. 可选，用于系统范围的使用添加到path和pythonpath， 例如，在文件“/home/user/.profile”中添加以下行，其中 “pygdm文件夹的路径”是pygdm安装目录：

   PATH="path_of_pyGDM_folder:$PATH"export PATH
   
   PYTHONPATH="path_of_pyGDM_folder:$PYTHONPATH"export PYTHONPATH
   

通过PIP

我们在pypi存储库上提供64位windows二进制文件（在win7和win10上测试）。通过安装

$ pip install pygdm2

使用anaconda分布编译（使用anaconda3测试）

1. 获取回购协议（例如从gitlab下载）

2. 安装gcc编译器：

   $ conda install m2w64-toolchain libpython
   

3. 编译Fortran部件：

   $ python setupy.py build
   

4. 安装：

   $ python setupy.py install
   

使用Python分布

osx上的默认编译器使用不支持openmp的clang。因此编译可能会失败。因此，我们建议使用Anaconda (Mac)，并从virtualenv中的conda存储库安装gcc（这里是python2的示例）。到目前为止，python3还没有在osx上进行测试：

$ conda create -n python2 python=2.7 anaconda

最后，“水蟒”会将整个水蟒分布复制到virtial env。您可以省略此选项并创建一个“空白”虚拟环境，以便仅安装选定的软件包。

接下来激活virtualenv并安装所需的软件：

$ source activate python2
$ xcode-select --install
$ conda install pip
$ conda install gcc
$ pip install pygdm2

还要确保您有最新版本的numpy和scipy:

$ pip install numpy scipy --upgrade

没有水蟒

或者，您也可以下载最新版本，并在不支持openmp的情况下手动编译它，这应该与默认的osx编译器一起工作：

$ python setup.py install --no-openmp

python代码

• P. R. Wiecha
• contributions by C. Majorel

Fortran代码

• C. Girard
• A. Arbouet
• R. Marty
• P. R. Wiecha