pyEntrez工具套件包装在pyCUI-TUI中
pyentrez的Python项目详细描述
pyEntrez公司
pyEntrez的目标是成为一个用户友好的Biopython Entrez套件 可以从脚本/arg中的命令行访问的工具 函数,或从持久性文本用户界面(TUI)调用。电流 实施将延伸到充分利用Entrez进行出版 浏览,并将提供自动将查询结果发送到的功能 一个数据库的用户选择以及方便的数据库 操纵。在
计划的功能包括使用工具集进行数据解释,例如 熊猫。以及结合文本分析和机器学习 由用户进行的研究的摘要是相关的。在
意外但有趣的特性是将 Biopython提供的一站式工具。在
当前的实现是在python3win10中开发的,但是 应该与基于Linux的操作系统一起工作(也许只是稍微修改一下) 打印和错误处理。)
动机
作为一个医学领域的新手程序员,我想看看我是否能够实现一套工具,将Entrez的所有功能都集中在一个脚本下,以及操作所提取的数据。我设想这个脚本可以更快速地获取相关数据,用于系统性综述和荟萃分析,这是一个受研究助理数量和可用于抓取和阅读摘要的时间限制的过程。在
安装
API参考
如何使用?在
学分
由:py_CUI Python命令行UI库提供: https://github.com/jwlodek/py_cui文档: https://jwlodek.github.io/py_cui-docs
Biopython库:https://github.com/biopython/biopython文档: https://biopython.org
许可证
麻省理工学院©William Slattery 2020
- 项目
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