使用python的开源显微镜控制

pycromanager的Python项目详细描述


Documentation StatusLicensePython VersionPyPIPyPI - DownloadsCode style: black

pycromanager是一个Python库,用于定制显微镜硬件控制和与图像处理集成。它与Micro-manager和{a8}一起工作。在

请访问pre-print或{a10},了解这些功能以及如何开始使用。在

有一个很酷的例子来说明你用pycromanager所做的事情,或者有什么改进的想法?在问题页上伸出援手。在

安装pycro manager

  1. 下载micro-manager 2.0的最新版本
  2. 使用pip install pycromanager安装pycro manager
  3. 运行Micro Manager,选择tools options(工具选项),然后选中显示Run server on port 4827的复选框(您只需执行一次)

要验证一切正常,请运行以下代码:

from pycromanager import Bridge

bridge = Bridge()
print(bridge.get_core())

其输出如下:

^{pr2}$

故障排除

创建网桥后,您可能会看到以下错误:

UserWarning: Version mistmatch between Java ZMQ server and Python client.
Java ZMQ server version: 2.4.0
Python client expected version: 2.5.0

在这种情况下,您的Micro manager版本Pycro manager版本不同步。通常,这可以通过下载这两个版本的最新版本来解决。向最新的Pycro经理汇报:

pip install pycromanager --upgrade

贡献

我们欢迎社区为改进Pycro管理器做出贡献,包括错误修复、文档改进、不同用例示例或内部改进。查看contributing guide查看有关工作流的更多信息。社区贡献特别有用的领域可以在带有Help wanted标签的Issues页面上找到

关于如何为pycromanager的Java部分设置开发环境的信息可以找到here

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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