使用python的开源显微镜控制
pycromanager的Python项目详细描述
pycromanager
是一个Python库,用于定制显微镜硬件控制和与图像处理集成。它与Micro-manager和{a8}一起工作。在
请访问pre-print或{a10},了解这些功能以及如何开始使用。在
有一个很酷的例子来说明你用pycromanager
所做的事情,或者有什么改进的想法?在问题页上伸出援手。在
安装pycro manager
- 下载micro-manager 2.0的最新版本
- 使用
pip install pycromanager
安装pycro manager - 运行Micro Manager,选择tools options(工具选项),然后选中显示Run server on port 4827的复选框(您只需执行一次)
要验证一切正常,请运行以下代码:
from pycromanager import Bridge
bridge = Bridge()
print(bridge.get_core())
其输出如下:
^{pr2}$故障排除
创建网桥后,您可能会看到以下错误:
UserWarning: Version mistmatch between Java ZMQ server and Python client.
Java ZMQ server version: 2.4.0
Python client expected version: 2.5.0
在这种情况下,您的Micro manager版本Pycro manager版本不同步。通常,这可以通过下载这两个版本的最新版本来解决。向最新的Pycro经理汇报:
pip install pycromanager --upgrade
贡献
我们欢迎社区为改进Pycro管理器做出贡献,包括错误修复、文档改进、不同用例示例或内部改进。查看contributing guide查看有关工作流的更多信息。社区贡献特别有用的领域可以在带有Help wanted标签的Issues页面上找到
关于如何为pycromanager的Java部分设置开发环境的信息可以找到here
- 项目
标签: