蛋白质的连续对称测度

proteincsm的Python项目详细描述


#proteincsm

我们的代码pdb廑u prep可用于此目的(https://sagivba.github.io/pdb廑prep)。

例如:

`proteincsm c2 inputmol.pdb output.pdb--optional args`


您可以通过“proteincsm-h`


*openbabel(http://openbabel.org/wiki/category:installation),
2.4.0或更高版本。
*openbabel的python绑定(`pip install openbabel`)
*numpy(`pip install numpy`)

因为正确安装openbabel是一个微妙且容易出错的过程,所以可以使用conda使用另一种安装protecsm的方法,并在conda_u install_u instructions.txt文件中进行了说明


\proteincsm可以使用:

`pip install proteincsm`


proteincsm安装,您也可以从源安装proteincsm。


>;Dryzun C.,Zait A.和Avnir D.,“定量对称性和手性-大型结构的快速计算算法:蛋白质、大分子、纳米管和单位细胞”,J.Comput.化学,322526-2538(2011)。



计算分子csm的精确算法:

>;alon g.和tuvi arad i.,“对称性分析的改进算法:结构保持置换”,数学杂志。Chem.,56(1),193-212(2018)。


avnir及其同事的原始代码:


>;Pinsky M.,Dryzun C.,Casanova D.,Alemany P.,Avnir D.,“计算连续对称度和手性度的分析方法”,计算化学杂志29(16):2712-2721(2008)。

>;Zabrodsky H.,Peleg S.,Avnir D.,“连续对称性测量”,《美国化学学会期刊》114(20):7843-7851(1992年)。





以色列开放大学耶路撒冷希伯来大学化学研究所David Avnir教授编程:**



**研究软件公司(www.chelem.co.il)

**测试、脚本和附加技术支持:**


**密集测试:**



匈牙利算法代码版权所有(c)2012,雅各布•弗林格



电子邮件:inbaltu@openu.ac.il








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