蛋白质的连续对称测度
proteincsm的Python项目详细描述
#proteincsm
我们的代码pdb廑u prep可用于此目的(https://sagivba.github.io/pdb廑prep)。
例如:
`proteincsm c2 inputmol.pdb output.pdb--optional args`
您可以通过“proteincsm-h`
*openbabel(http://openbabel.org/wiki/category:installation),
2.4.0或更高版本。
*openbabel的python绑定(`pip install openbabel`)
*numpy(`pip install numpy`)
因为正确安装openbabel是一个微妙且容易出错的过程,所以可以使用conda使用另一种安装protecsm的方法,并在conda_u install_u instructions.txt文件中进行了说明
\proteincsm可以使用:
`pip install proteincsm`
proteincsm安装,您也可以从源安装proteincsm。
>;Dryzun C.,Zait A.和Avnir D.,“定量对称性和手性-大型结构的快速计算算法:蛋白质、大分子、纳米管和单位细胞”,J.Comput.化学,322526-2538(2011)。
计算分子csm的精确算法:
>;alon g.和tuvi arad i.,“对称性分析的改进算法:结构保持置换”,数学杂志。Chem.,56(1),193-212(2018)。
avnir及其同事的原始代码:
>;Pinsky M.,Dryzun C.,Casanova D.,Alemany P.,Avnir D.,“计算连续对称度和手性度的分析方法”,计算化学杂志29(16):2712-2721(2008)。
>;Zabrodsky H.,Peleg S.,Avnir D.,“连续对称性测量”,《美国化学学会期刊》114(20):7843-7851(1992年)。
以色列开放大学耶路撒冷希伯来大学化学研究所David Avnir教授编程:**
**研究软件公司(www.chelem.co.il)
**测试、脚本和附加技术支持:**
**密集测试:**
匈牙利算法代码版权所有(c)2012,雅各布•弗林格
电子邮件:inbaltu@openu.ac.il
我们的代码pdb廑u prep可用于此目的(https://sagivba.github.io/pdb廑prep)。
例如:
`proteincsm c2 inputmol.pdb output.pdb--optional args`
您可以通过“proteincsm-h`
*openbabel(http://openbabel.org/wiki/category:installation),
2.4.0或更高版本。
*openbabel的python绑定(`pip install openbabel`)
*numpy(`pip install numpy`)
因为正确安装openbabel是一个微妙且容易出错的过程,所以可以使用conda使用另一种安装protecsm的方法,并在conda_u install_u instructions.txt文件中进行了说明
\proteincsm可以使用:
`pip install proteincsm`
proteincsm安装,您也可以从源安装proteincsm。
>;Dryzun C.,Zait A.和Avnir D.,“定量对称性和手性-大型结构的快速计算算法:蛋白质、大分子、纳米管和单位细胞”,J.Comput.化学,322526-2538(2011)。
计算分子csm的精确算法:
>;alon g.和tuvi arad i.,“对称性分析的改进算法:结构保持置换”,数学杂志。Chem.,56(1),193-212(2018)。
avnir及其同事的原始代码:
>;Pinsky M.,Dryzun C.,Casanova D.,Alemany P.,Avnir D.,“计算连续对称度和手性度的分析方法”,计算化学杂志29(16):2712-2721(2008)。
>;Zabrodsky H.,Peleg S.,Avnir D.,“连续对称性测量”,《美国化学学会期刊》114(20):7843-7851(1992年)。
以色列开放大学耶路撒冷希伯来大学化学研究所David Avnir教授编程:**
**研究软件公司(www.chelem.co.il)
**测试、脚本和附加技术支持:**
**密集测试:**
匈牙利算法代码版权所有(c)2012,雅各布•弗林格
电子邮件:inbaltu@openu.ac.il