并行分子动力学分析工具
pmda的Python项目详细描述
准备使用分析和构建块编写并行分析算法 将MDAnalysis与dask一起使用。
警告
此项目是alpha软件，不稳定的api。它会而且 应该快速发展以测试不同的实现方法 以无缝直观的方式进行并行分析。
例如，对所有可用的内核运行rmsd分析：
importMDAnalysisasmdafrompmdaimportrmsu=mda.Universe(top,traj)ref=mda.Universe(top,traj)rmsd_ana=rms.RMSD(u.atoms,ref.atoms).run(n_jobs=-1)print(rmsd_ana.rmsd)
默认情况下，pmda使用dask的多处理调度程序。这就足够了 如果你想在一台机器上运行你的模拟。如果你的分析 很长时间（>；30分钟）您还可以使用 distributed调度程序。为此，您可以传递一个scheduler关键字 run方法的参数。
要编写自己的并行算法，可以将 pmda.parallel.ParallelAnalysisBase类。
许可证和源代码
PMDA在GNU General Public License, version 2下发布（参见 文件作者和许可证的详细信息）。
源代码在公共github存储库中可用 https://github.com/MDAnalysis/pmda/。
安装
源代码开发版本
要从源代码安装最新的开发版本，请运行
git clone git@github.com:MDAnalysis/pmda.git
cd pmda
python setup.py install
获取帮助
help也可以通过mdanalysis邮件列表获得
请通过Issue
Tracker报告pmda的错误和功能请求。https://groups.google.com/group/mdnalysis-discussion
引文
如果你在出版的作品中使用pmda，请引用[Linke2018]。
| [Linke2018] | Max Linke, & Oliver Beckstein. (2018, May 11). MDAnalysis/pmda: 0.1.0 (Version 0.1.0). Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.1245759 |
欢迎加入QQ群-->： 979659372
