小型Django应用到模型基因
phizz-genes的Python项目详细描述
#phizz genes
一个小的django应用程序,用于表示基因、转录本、omim表型、别名等
]
````
>
-运行python manage.py py migrate`来创建模型
35 35 35<
```python
class gene(models.model):
`````ensembl gene id,例如ensg00000001156110'
>
/智人/基因/总结?G=ENSG0000156110
ENSEMBL_id=models.charfield(最大长度=20)
chrom=models.charfield(最大长度=30)
start=models.integerfield()
stop=models.integerfield()
blank=true)
description=models.charfield(max_length=200,null=true)
hgnc id,例如“257”,用于链接:
genenames.org/cgi-bin/gene_symbol嫒report?hgc-hgc-hgc-hgc-hgc-hgc-hgc-hgc:257
hgc-hgc-hgc-id=models.integerfield(null=true)
《entrez id,ex.132》,用于使用如下链接的链接:
.uk/homo_sapiens/gene/摘要?db=core;g=otthumg0000018506
vega_id=models.charfield(max_length=20,null=true)
ucsc id,例如uc001jwi.4,用于链接:http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hggene?人类和hgg-chrom=none&hgg=knowngene&hgg-hgg基因=uc001jwi.4
ucsc-id=models.charfield(最大长度=20,空值=true)
pli-score是exac估计的lof突变敏感性的估计值
pli-score=models.decimalfield(最大数字=6,小数位数=5,空值=true)
u(自身):
return self.hgnc_symbol
空=真)
ensembl_transcript_id=models.charfield(max_length=30)
def_u str_u(self):
返回self.refseq_u name
一个表型可以有多个转录本,一个转录本附加到一个基因
类omim(models.model):
基因=models.foreignkey(gene,on_delete=models.cascade)
omim id=models.integerfield()
gene=models.foreignkey(gene,on_delete=models.cascade)
alias=models.charfield(max_length=20)
class uniprot(models.model):
gene=models.foreignkey(gene,on_delete=models.cascade)
uniprot=models.charfield(max_length=20)
```
一个小的django应用程序,用于表示基因、转录本、omim表型、别名等
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-运行python manage.py py migrate`来创建模型
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```python
class gene(models.model):
`````ensembl gene id,例如ensg00000001156110'
>
/智人/基因/总结?G=ENSG0000156110
ENSEMBL_id=models.charfield(最大长度=20)
chrom=models.charfield(最大长度=30)
start=models.integerfield()
stop=models.integerfield()
blank=true)
description=models.charfield(max_length=200,null=true)
hgnc id,例如“257”,用于链接:
genenames.org/cgi-bin/gene_symbol嫒report?hgc-hgc-hgc-hgc-hgc-hgc-hgc-hgc:257
hgc-hgc-hgc-id=models.integerfield(null=true)
《entrez id,ex.132》,用于使用如下链接的链接:
.uk/homo_sapiens/gene/摘要?db=core;g=otthumg0000018506
vega_id=models.charfield(max_length=20,null=true)
ucsc id,例如uc001jwi.4,用于链接:http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hggene?人类和hgg-chrom=none&hgg=knowngene&hgg-hgg基因=uc001jwi.4
ucsc-id=models.charfield(最大长度=20,空值=true)
pli-score是exac估计的lof突变敏感性的估计值
pli-score=models.decimalfield(最大数字=6,小数位数=5,空值=true)
u(自身):
return self.hgnc_symbol
空=真)
ensembl_transcript_id=models.charfield(max_length=30)
def_u str_u(self):
返回self.refseq_u name
一个表型可以有多个转录本,一个转录本附加到一个基因
类omim(models.model):
基因=models.foreignkey(gene,on_delete=models.cascade)
omim id=models.integerfield()
alias=models.charfield(max_length=20)
class uniprot(models.model):
gene=models.foreignkey(gene,on_delete=models.cascade)
uniprot=models.charfield(max_length=20)
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