孤儿
orfip的Python项目详细描述
简介
python/orpy是一种非常灵活的python/orpy/extract工具。请阅读preprint here
安装
安装最新的稳定版本
pip install orfipy
从源安装开发版本
^{pr2}$或者使用pip
pip install git+git://github.com/urmi-21/orfipy.git
示例
提取ORF序列并将ORF序列写入orfs.fa文件
orfipy input.fasta --dna orfs.fa --min 10 --max 10000 --procs 4 --table 1 --outdir orfs_out
{ATG}仅用作^密码子}
orfipy input.fasta --dna orfs.fa --start ATG
提取ORF床文件
orfipy input.fasta --bed orfs.bed --min 50 --procs 4
or
orfipy input.fasta --min 50 --procs 4 > orfs.bed
提取ORF BED12文件
Note：添加--include-stop以使orfipy输出与译码器。预测输出.bed文件
orfipy testseq.fa --min 100 --bed12 of.bed --partial-5 --partial-3 --include-stop
提取肽
orfipy input.fasta --pep orfs_peptides.fa --min 50 --procs 4
参见可用密码子表
orfipy --show-table
与getorf和OrfM的比较
在
orfipy特性和性能与getorf和OrfM的比较。有关详细信息，请参见 preprint和SI
在
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
