开放目标的本体映射
ontoma的Python项目详细描述
这个软件是作为开放目标项目的一部分开发的。有关更多信息，请参见：
http://www.opentargets.org
target validation platform
根据Apache许可证2.0版（以下简称"许可证"）获得许可；
除非符合许可证的要求，否则您不得使用此文件。
您可以在http://www.apache.org/licenses/license-2.0
http://www.apache.org/licenses/license-2.0
根据许可证分发的软件是按"原样"分发的，
没有任何保证或条件，明示或暗示。
请参阅许可证，了解特定语言的管理权限和许可证下的限制。
描述：ontoma是一个python模块，帮助您将疾病/表型术语映射到我们在开放目标平台中使用的
本体。
我们在开放目标平台中使用的本体是一个子集（aka。_
efo ontology加上任何hpo术语，如果找不到有效的efo映射，
。
*features*
*wrap ols，oxo，pythonic api中的zooma总是尝试输出完整uri[我们的wiki]（https://github.com/opentargets/data-release/wiki/efo ontology annotation process）中突出显示的过程
查找疾病或表型字符串很简单：
`` python
来自ontoma导入ontoma
输出：
'http://www.ebi.ac.uk/efo/efo_'
```
您可以使用"verbose"标志获得更多详细信息：
``python
printverbose=true））
'quality'：'match'…}
```
**从命令行**
可以使用'ontoma`
（键入'ontoma--help`了解用法）：
``sh
ontoma<；input-file>；<；output_file>；
```
其中输入文件可以替换为`-`以从stdin读取并写入stdout。
这意味着要从以前的命令中读取，请使用管道：
``sh
echo‘astachs’；ontoma-<；output_file>；
```
将输出一个文件"test.txt"，其中包含结果的来源以及匹配的置信度（match，fuzzy，check}）：
```
http://www.ebi.ac.uk/efo/efo_哮喘efo obo match
```
如果您想从结果中找到字符串"mymatch"，您可以：
``sh
ontoma<；input_file>；-grep"mymatch"
```
[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/ontoma/badge/？版本=稳定]（http://ontoma.readthedocs.io/en/stable/？徽章=稳定）
http://ontoma.readthedocs.io/en/stable/
设置您的环境
首先克隆此repo
```
git克隆https://github.com/opentargets/ontoma.git
````
[安装pipenv]（https://pipenv.readthedocs.io/en/latest/install/\pipenv）然后运行
``sh
pipenv install--dev
```
以安装所有开发依赖项。
测试一切正常：
``sh
pipenv运行pytest
````
**如果您不喜欢pipenv**您可以使用更传统的设置工具/virtualenv设置：
``sh
git clone https://github.com/opentargets/ontoma.git
virtualenv-p python3 venv
source venv/bin/activate
pip install--可编辑.
```
因此，它显示为一个可传递的依赖项，并且在您的
locked dev environment
\release to pypi
simply run`./bumpversion.sh`
脚本将标记、推送并触发一个新的ci运行。
将自动上载到pypi。
关键字：opentargets ontology efo mapper
平台：未知
分类器：预期受众：：开发人员
分类器：操作系统：：操作系统无关
分类器：主题：：软件开发：：库：：python模块
分类器：编程语言：：python：：3
分类器：编程语言：：python：：3.6
分类器：编程语言：：python：：3：：仅
需要python：>；=3.2
描述内容类型：文本/标记
http://www.opentargets.org
target validation platform
根据Apache许可证2.0版（以下简称"许可证"）获得许可；
除非符合许可证的要求，否则您不得使用此文件。
您可以在http://www.apache.org/licenses/license-2.0
http://www.apache.org/licenses/license-2.0
根据许可证分发的软件是按"原样"分发的，
没有任何保证或条件，明示或暗示。
请参阅许可证，了解特定语言的管理权限和许可证下的限制。
描述：ontoma是一个python模块，帮助您将疾病/表型术语映射到我们在开放目标平台中使用的
本体。
我们在开放目标平台中使用的本体是一个子集（aka。_
efo ontology加上任何hpo术语，如果找不到有效的efo映射，
。
*features*
*wrap ols，oxo，pythonic api中的zooma总是尝试输出完整uri[我们的wiki]（https://github.com/opentargets/data-release/wiki/efo ontology annotation process）中突出显示的过程
查找疾病或表型字符串很简单：
`` python
来自ontoma导入ontoma
输出：
'http://www.ebi.ac.uk/efo/efo_'
```
您可以使用"verbose"标志获得更多详细信息：
``python
printverbose=true））
'quality'：'match'…}
```
**从命令行**
可以使用'ontoma`
（键入'ontoma--help`了解用法）：
``sh
ontoma<；input-file>；<；output_file>；
```
其中输入文件可以替换为`-`以从stdin读取并写入stdout。
这意味着要从以前的命令中读取，请使用管道：
``sh
echo‘astachs’；ontoma-<；output_file>；
```
将输出一个文件"test.txt"，其中包含结果的来源以及匹配的置信度（match，fuzzy，check}）：
```
http://www.ebi.ac.uk/efo/efo_哮喘efo obo match
```
如果您想从结果中找到字符串"mymatch"，您可以：
``sh
ontoma<；input_file>；-grep"mymatch"
```
[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/ontoma/badge/？版本=稳定]（http://ontoma.readthedocs.io/en/stable/？徽章=稳定）
http://ontoma.readthedocs.io/en/stable/
设置您的环境
首先克隆此repo
```
git克隆https://github.com/opentargets/ontoma.git
````
[安装pipenv]（https://pipenv.readthedocs.io/en/latest/install/\pipenv）然后运行
``sh
pipenv install--dev
```
以安装所有开发依赖项。
测试一切正常：
``sh
pipenv运行pytest
````
**如果您不喜欢pipenv**您可以使用更传统的设置工具/virtualenv设置：
``sh
git clone https://github.com/opentargets/ontoma.git
virtualenv-p python3 venv
source venv/bin/activate
pip install--可编辑.
```
因此，它显示为一个可传递的依赖项，并且在您的
locked dev environment
\release to pypi
simply run`./bumpversion.sh`
脚本将标记、推送并触发一个新的ci运行。
将自动上载到pypi。
关键字：opentargets ontology efo mapper
平台：未知
分类器：预期受众：：开发人员
分类器：操作系统：：操作系统无关
分类器：主题：：软件开发：：库：：python模块
分类器：编程语言：：python：：3
分类器：编程语言：：python：：3.6
分类器：编程语言：：python：：3：：仅
需要python：>；=3.2
描述内容类型：文本/标记
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