OMERO脚本

omero-scripts的Python项目详细描述


https://github.com/ome/omero-scripts/workflows/OMERO/badge.svghttps://badge.fury.io/py/omero-scripts.svg

OMERO核心脚本

此目录包含使用 OMERO.scripts公司应用程序编程接口。中存在的所有脚本(例如*.py) 目录将自动与所有二进制文件一起分发 构建。将检测哪些文件结尾以及如何检测它们 将两者都集中配置在服务器上。 .py.jy", and ``.m(MATLAB)文件都应该被检测到 默认情况下从OMERO 5开始。在

类别

脚本分为几个类别,每个目录一个。在

在目录|中应该是……|
————————————————
analysis|脚本|压缩图像以生成数值结果和类似任务|
export\u scripts|将一个或多个图像作为输入,并为exchange生成一个表示形式
figure|scripts|将一个或多个图像作为输入,并生成摘要表示|
hcs_脚本|使用屏幕/板/孔,而不仅仅是图像|
import|脚本|在导入后对图像运行以进行额外处理|
processing_脚本|从现有图像或其他数据创建新图像|
setup\u脚本|通常由管理员执行一次,以配置OMERO本身|
util|scripts|执行其他杂项任务,如清理或优化OMERO本身|

想要依赖其他脚本的脚本可以 使用:

import omero.<sub_dir>.<script_name>

要使这一点起作用,有关的官方脚本必须 可适当进口,即:

def run():
client = omero.scripts.client(…)
if __name__ == “__main__”:
run()

OMERO用户脚本

如果您想提供自己的脚本供其他人安装 在他们的OMERO安装中,请参见http://openmicroscopy.org/info/scripts

测试

test/下的集成测试需要安装有脚本的OMERO服务器。 测试由Travis for open PRs运行,使用omero test infra部署omero 通过码头集装箱。在

要在本地运行测试,请执行以下操作:

# All tests $ python setup.py test

# Single test in a single file $ python setup.py test -t test/integration/test_util_scripts.py -k test_dataset_to_plate

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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