needeman-wunsch全局序列比对
nwalign的Python项目详细描述
这个模块提供了一个python模块和一个命令行接口来执行全局- 使用needeman-wunsch算法进行序列比对。它使用cython 为了速度而努力。
命令行用法
nwalign可执行文件由setuptools安装到路径中
$ nwalign alphabet alpet alphabet alp---et
指定对齐方式scoring matrix
$ nwalign --matrix /usr/share/ncbi/data/BLOSUM62 EEAEE EEEEG EEAEE- EE-EEG
有指定的惩罚
$ nwalign --gap_open -10 --gap_extend -4 --match 12 ASDFF ASFF ASDFF AS-FF
python用法
对齐
>>> import nwalign as nw
>>> nw.global_align("CEELECANTH", "PELICAN", matrix='PAM250')
('CEELE-CANTH', '-PEL-ICAN--')
# with a specified penalty for open and extend.
>>> nw.global_align("CEELECANTH", "PELICAN", gap_open=-10, gap_extend=-4, matrix='PAM250')
('CEELECANTH', '-PELICAN--')
矩阵被指定为scoring matrixas的完整路径 与ncbi工具集一起分发。
评分
得到一条直线的分数。（前两个参数来自对齐 必须有相同的长度。
>>> nw.score_alignment('CEELECANTH', '-PELICAN--', gap_open=-5,
... gap_extend=-2, matrix='PAM250')
11
>>> nw.score_alignment('CEELE-CANTH', '-PEL-ICAN--', gap_open=-5,
... gap_extend=-2, matrix='PAM250')
6
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