神经科学模拟数据格式
nsdf的Python项目详细描述
nsdf(神经科学模拟数据格式)是一种建立在[hdf5]之上的文件格式(http://www.hdfgroup.org/)。
这种
格式足够通用,任何时间序列数据都应该适合。因此,
实际应用可能比神经科学中的模拟更广泛。
*NSDF正在开发中,我们欢迎
社区的反馈和建议。
*如果您使用NSDF进行研究,请考虑引用具有NSDF规范的文章:
Ray,Subhasis,Chaitanya Chintaluri,Upinder S.Bhalla和Daniel K.Wójcik。2015年。”神经科学模拟数据格式〉,神经资讯学,十一月一日至二十一日。DOI:10.1007/S12021-015-9282-5.
要求
----
NSDF模块与H5PY 2.3.1一起工作。Python2.7和Numpy。最新的
开发版本也应适用于python 3,但尚未完全测试。
要构建文档,还需要sphinx,
sphinxcontrib napoleon包。
如果您对Linux具有管理员权限并希望为所有用户安装它:
`sudo pip install nsdf`
2。如果您没有管理员权限或想在主目录中安装,请从源安装nsdf软件包(可在https://github.com/nsdf/nsdf获取):
cd到顶层目录(包含
此文件的目录)并输入:
`python setup.py install`
以生成文档,cd到doc目录并输入:
`make html`
这将创建“\\\.build”目录,文档的索引将在“\.build/html/index.html”中
。或者,您可以阅读最新的文档
,该文档由nsdf.readthedocs.org上的git:master分支构建。
对于神经元模拟。
credits
----
subhasis ray、chaitanya chintaluri、upinder bhalla和daniel wójcik
一直在协同设计规范。
chaitanya提供了示例和用例。
subhasis正在开发这个python模块,为阅读和使用提供了高级api
编写nsdf文件。
这种
格式足够通用,任何时间序列数据都应该适合。因此,
实际应用可能比神经科学中的模拟更广泛。
*NSDF正在开发中,我们欢迎
社区的反馈和建议。
*如果您使用NSDF进行研究,请考虑引用具有NSDF规范的文章:
Ray,Subhasis,Chaitanya Chintaluri,Upinder S.Bhalla和Daniel K.Wójcik。2015年。”神经科学模拟数据格式〉,神经资讯学,十一月一日至二十一日。DOI:10.1007/S12021-015-9282-5.
要求
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NSDF模块与H5PY 2.3.1一起工作。Python2.7和Numpy。最新的
开发版本也应适用于python 3,但尚未完全测试。
要构建文档,还需要sphinx,
sphinxcontrib napoleon包。
如果您对Linux具有管理员权限并希望为所有用户安装它:
`sudo pip install nsdf`
2。如果您没有管理员权限或想在主目录中安装,请从源安装nsdf软件包(可在https://github.com/nsdf/nsdf获取):
cd到顶层目录(包含
此文件的目录)并输入:
`python setup.py install`
以生成文档,cd到doc目录并输入:
`make html`
这将创建“\\\.build”目录,文档的索引将在“\.build/html/index.html”中
。或者,您可以阅读最新的文档
,该文档由nsdf.readthedocs.org上的git:master分支构建。
对于神经元模拟。
credits
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subhasis ray、chaitanya chintaluri、upinder bhalla和daniel wójcik
一直在协同设计规范。
chaitanya提供了示例和用例。
subhasis正在开发这个python模块,为阅读和使用提供了高级api
编写nsdf文件。