nmrml2isa-nmrml到isa选项卡分析工具
nmrml2isa的Python项目详细描述
概述
nmrml2isa是Python3程序，可用于生成is a选项卡结构 从nmrml文件中进行调查，提供研究的主干，然后可以 使用ISA编辑工具编辑（请参见MetaboLights pre-packaged ISA Creator）
使用
见Usage page和 的Examples page 更详细的用法说明和示例。
cli
解析器附带一个简单的一行代码：
mzml2isa -i /path/to/nmrml_files/ -o /path/to/out_folder -s name_of_study
模块
可以将nmrml2isa导入为python模块：
fromnmrml2isaimportparsingin_dir="/path/to/nmrml_files/"out_dir="/path/to/out_folder/"study_identifier_name="name_of_study"parsing.full_parse(in_dir,out_dir,study_identifier_name)
荟萃
如果你只想提取元信息而不写它们 在isa tab文件中，可以通过运行nmrml2isa.nmrml 主模块：
python -m nmrml2isa.nmrml /path/to/your/file.nmrML
# this will produce a JSON dict of all extracted metadata或者在python程序中使用nmrml子模块：
fromnmrml2isaimportnmrmlnmrml_path="/path/to/file.nmrML"nmrml_meta=nmrml.nmrMLmeta(nmrml_path)# python dictionnaryprint(nmrml_meta.meta)# json dictionnaryprint(nmrml_meta.meta_json)
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